Code Ocean没有安装特定版本的R包

问题描述

我正在尝试在 Code Ocean 中设置环境。我需要安装不是最新版本的 Seurat 3.2.0 或 3.2.3 版。 CRAN 安装程序（在下图中）可以安装最新版本的 Seurat，它是 4.0.1，没有问题。但是当我指定版本（3.2.3）时，它无法安装

Seurat 安装允许通过安装早期版本

remotes::install_version("Seurat",version = "3.X.X")

我尝试使用 Code Ocean postsInstall 脚本，因为他们建议使用以下方法进行更指定的包安装：

    #!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/',\
  unzip = 'internal',\
  download.file.method ='libcurl',\
  Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site 

Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
   install.packages('remotes'); \
   remotes::install_version('Seurat',version='3.2.0')"

我也尝试过开发工具

#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/',\
  Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site 

Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
   install.packages('devtools'); \
   devtools::install_version('Seurat',version='3.2.0')"

有一个巨大的日志文件。我认为所有的依赖项都安装好了。但这是与 Seurat 错误相关的最后几行

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

cran devtools r r remotes