R 中的冲积图：如何分隔地层？

问题描述

背景

我一直致力于使用 ggplot 和 ggalluvial package 创建冲积图（一种桑基图），以可视化随时间变化的频率差异及其起源。

例如，我创建了一个简单的数据集，其中包含 100 名经过 COVID-19 筛查的虚构患者。 在基线时，所有患者的 COVID-19 均为阴性。假设 1 周后，再次对所有患者进行检测：现在，30 名患者呈阳性，65 名呈阴性，5 名患者的结果不确定。又过了一周，30 名阳性患者仍为阳性，10 名患者由阴性转为阳性，其余为阴性。

data <- data.frame(analysis = as.factor(rep(c("time0","time1","time2"),each = 4)),freq = rep(c(30,10,55,5),3),track = rep(1:4,response = c("neg","neg","pos","inconc","neg"))

#   analysis freq track response
#1     time0   30     1      neg
#2     time0   10     2      neg
#3     time0   55     3      neg
#4     time0    5     4      neg
#5     time1   30     1      pos
#6     time1   10     2      neg
#7     time1   55     3      neg
#8     time1    5     4   inconc
#9     time2   30     1      pos
#10    time2   10     2      pos
#11    time2   55     3      neg
#12    time2    5     4      neg

目标

目标是创建一个冲积图，以可视化这些患者随时间推移的“轨迹”（即冲积物），从而可视化两周后结果的来源。类似的东西：

尝试

我设法制作了图形的主要部分：

library(tidyverse)
library(ggalluvial)

ggplot(data,aes(x = analysis,stratum = response,alluvium = track,y = freq,fill = response),col = "black") +
    geom_flow(stat = "alluvium") +
    geom_stratum(alpha = .5) +
    scale_fill_manual(values = c("grey","green","red"))

问题

但是，我无法清楚地区分这些地层。现在，它们都彼此相邻，从而形成一个完全“填充”的矩形。

如何使用 ggalluvial 中的 R 包在冲积地块中分隔地层/冲积层？

解决方法

ggalluvial 包的作者将冲积图定义为：

Alluvial plots are parallel sets plots in which classes are ordered consistently across dimensions and stacked without gaps at each dimension.

你可能想做一个桑基情节，一个合理的包是：ggsankey

,

使用 ggalluvial，您可以这样做：

冲积地块的问题是你不会在地层上的“矿脉”之间分离。

library(ggplot2)
library(ggalluvial)

data$track <- factor(data$track)


ggplot(data,aes(x = analysis,y = freq,stratum = response,alluvium = track)) +
  geom_flow(aes(fill = track),stat = "alluvium") +
  geom_lode(aes(fill = response))+
  geom_text(stat = "stratum",aes(label = response)) +
  scale_fill_manual("Track",breaks = c("1","2","3","4","neg","pos","inconc" ),labels = c("1","",""),values = c("grey15","grey40","grey65","grey90","red","green","orange"))+
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(alpha = c(`1` = 1,`2` = 1,`3` = 1,`4` = 1,neg = 0,pos = 0,inconc = 0))))+
  theme_minimal()

^{由 reprex package (v2.0.0) 于 2021 年 4 月 18 日创建}