将 bool_list 传递给 pybiomart 包中的方法

问题描述

我正在使用 pybiomart python package，我想使用 here 中提供的过滤器之一。其中一个过滤器属于 boolean_list 类型。当我使用该类型的过滤器值时，我不确定如何传递参数。 我通过 dataset.list_filters() 方法知道它是 boolean_list 类型，该方法显示以下内容：

我的查询如下：

from pybiomart import Server,Dataset
a=[False]*20
a[7]=True
dataset=Dataset(name='hsapiens_gene_ensembl',host='http://www.ensembl.org')
dataset.query(attributes=['uniprotswissprot'],filters={'id_list_protein_domain_and_feature_filters':a})

我在这里所做的是将 a 作为 filters dic 中相应过滤器的值传递。我认为我将 a 定义为一个 boolean_list（这是我的想法）。我将 a 定义为一个包含 20 个布尔值的列表，所有 False 除了我需要的那个，我使它成为 True。请从 biomart 网站的 GUI 中查看下面的屏幕截图。我想选择 With Pfam ID(s) 作为该过滤器的值 (id_list_protein_domain_and_feature_filters) 问题是，当我运行该查询时，出现以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
biomartException                          Traceback (most recent call last)
<ipython-input-19-3b59f9b0b207> in <module>()
      3 a[2]=True
      4 dataset=Dataset(name='hsapiens_gene_ensembl',host='http://www.ensembl.org')
----> 5 dataset.query(attributes=['uniprotswissprot'],filters={'id_list_protein_domain_and_feature_filters':a})

/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/pybiomart/dataset.py in query(self,attributes,filters,only_unique,use_attr_names)
    264         # Raise exception if an error occurred.
    265         if 'Query ERROR' in response.text:
--> 266             raise biomartException(response.text)
    267 
    268         # Parse results into a DataFrame.

biomartException: Query ERROR: caught biomart::Exception::Database: Error during query execution: You have an error in your sql Syntax; check the manual that corresponds to your MysqL server version for the right Syntax to use near ' ensembl_mart_103.hsapiens_gene_ensembl__translation__main main WHERE (.  'False' at line 1 

我想要做的基本上是选择组合框中的项目之一（如下面的 biomart 网站 GUI 屏幕截图所示） 提前致谢。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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