无法使用 conda

问题描述

我无法使用任一命令安装带有 conda 的 htslib v1.12：

conda install -c bioconda htslib
conda install -c bioconda/label/broken htslib

使用 conda install -c bioconda/label/cf201901 htslib 给了我 htslib v1.9。

有谁知道如何使用 conda 安装 v1.12？谢谢！

解决方法

指令 OP 参考来自 Anaconda Cloud，它们是通用的，并且忽略了使用专用通道通常需要的细微差别。具体来说，Bioconda expects 以下渠道优先级：

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

这是 Bioconda 在构建和测试包时使用的顺序。不遵循这一点可能会导致未定义的行为。

最佳做法是全局设置此值 - 如果您主要使用生物信息学软件，则非常有用 - 或以特定于环境的方式设置（即，使用 conda config --env）。

否则，要手动模拟此通道优先级，将使用

conda install --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults htslib=1.12

但大多数时候可以逃脱

conda install -c conda-forge -c bioconda htslib=1.12