如何为 GetDist 图保存 EMCEE chian

问题描述

我正在尝试使用 EMCEE 进行一个简单的练习。代码运行，我可以得到一个图，但现在我想保存链以用 Getdist 来绘制它。我附上了一个最小的代码。

def log_like(theta,z,mu):
    omegal,omegaM=theta
    for i in range(0,len(z)):
        arrayofz[i]=dl(omegal,omegaM,z[i])
        arrayofz[i]=eta+(5*np.log10(arrayofz[i]))
    diff=mu - arrayofz
    temp=-0.5*(np.sum((diff**2)/sigma**2))
    return temp

def log_prior(theta):
    omegal,omegaM=theta
    if 0<=omegal <= 1 and 0<=omegaM <= 1: 
        return 0.0
    return -np.inf

def log_probability(theta,mu):
    return log_prior(theta)+log_like(theta,mu)

N=50
goodguess=np.array([0.7,0.3])
pos =  goodguess + (np.random.randn(N,2)/10)
nwalkers=N
ndim=2

#---------------------------------

sampler = emcee.EnsembleSampler(nwalkers,ndim,log_probability,args=(z,mu))
sampler.run_mcmc(pos,300,progress=True);

samples = sampler.get_chain()
labels = ["omegal","omegaM"]

flat_samples = sampler.get_chain(discard=10,flat=True)`

如果我使用转角，我可以获得一个情节（带有切割轴，但这是另一个故事）。我试图将样本保存为 .txt 但什么也没有。你知道我如何用 Getdist 切断或绘制链吗？提前致谢。

解决方法

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