re.findall 在 Python 中生成类似列表的数组

问题描述

我正在编写一个 Python 脚本来从文本文件中提取几个特征。

输入文件具有以下结构：

ENTRY       M00001            Pathway   Module
NAME        Glycolysis (Embden-Meyerhof pathway),glucose => pyruvate
CLASS       Pathway modules; Carbohydrate Metabolism; Central carbohydrate Metabolism
PATHWAY     map00010  Glycolysis / gluconeogenesis
            map01200  Carbon Metabolism
            map01100  Metabolic pathways

///

我正在从“ENTRY”字段和“PATHWAY”字段中提取值。但是，当我将内容写入 Postgresql 11.0 表时，我得到的结果如下。列类型为“字符变化”

id          map_id
{M00001}    {map00010,map01200,map01100}
{M00002}    {map00010,map01230,map01100}
{M00003}    {map00010,map00020,map01100}
{M00004}    {map00030,map01100,map01120}
{M00005}    {map00030,map00230,map01100}

下面的代码生成上面的输出：

cursor = conn.cursor()
dict = {}
with open ('file') as f:                                                                                   
    for line in f:
        if(re.search("^[A-Z]",line) ):
            key,value = re.split("\s+",line,1)
            dict[key] = value
        elif(re.search("^\s+",line)):
            dict[key] = dict[key] + line
        elif(re.search("^///",line)):
            e = dict['ENTRY']
            string = ''.join(e)
            id = re.findall(r"(^[A-Za-z+]\d+)",string)                        
            map_id = re.findall(r"(map\d+)\s+.*",dict['PATHWAY'])
             
            cursor.execute("INSERT INTO tbl (id,map_id) VALUES (%s,%s)",(id,map_id))


conn.commit()
conn.close()
cursor.close()

预期输出为：

id          map_id
M00001  map00010,map01100
M00002  map00010,map01100
M00003  map00010,map01100
M00004  map00030,map01120
M00005  map00030,map01100

非常感谢任何帮助

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

postgresql python regex regex regex