使用 biomaRt 注释染色体区域

问题描述

我有一个基因组位置列表如下：

data = data.frame(chr = "chr17",start = 63973115,end = 64437414)
data$query = paste(gsub("chr",'',data$chr),data$start,data$end,sep = ":")

我想知道它们是否是 CDS、5'UTR、3'UTR、内含子、ncRNA、基因间等。为此，我想使用 biomart 如下：

library('biomart')
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",useMart("ensembl"))

res.genes <- getBM(filters = "chromosomal_region",attributes = c("ensembl_gene_id","external_gene_name","description","gene_biotype"),values = data,mart = mart)

总结这些信息的属性是什么？我尝试使用 listAttributes() 函数，但无法确定哪一个是正确的。有什么想法吗？

解决方法

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