python在图中查找集群成员

编程问答 2022-05-09

问题描述

在 python 中，我试图解决我以前在 R 中遇到的同样问题：

import pandas as pd,numpy as np
df = pd.DataFrame({"id1": [1,1,2,3,4,5,6,np.NaN,np.NaN],"id2": ['a','a','c','d','x','y','z',"id3": [1,np.NaN]})

我希望python计算列id3，即分配网络集群成员（理想情况下忽略NA）

在 R 中：

g <- graph_from_data_frame(df,FALSE)
cg <- clusters(g)$membership
df$id4 <- cg[df$id1]
df

解决方法

我们可以生成一个无向的networkx图，源和目标设置为id1和id2，然后enumerate覆盖图中的连通分量以创建映射字典和 map 这本字典在 id1 列

import networkx as nx

G = nx.from_pandas_edgelist(df.dropna(),'id1','id2')
df['id3'] = df['id1'].map({c: i for i,cc in enumerate(
                           nx.connected_components(G),1) for c in cc})

    id1  id2  id3
0   1.0    a  1.0
1   1.0  NaN  1.0
2   2.0    a  1.0
3   2.0    c  1.0
4   3.0    c  1.0
5   3.0    d  1.0
6   4.0    x  2.0
7   4.0  NaN  2.0
8   5.0    y  2.0
9   5.0    z  2.0
10  6.0    x  2.0
11  6.0    z  2.0
12  NaN  NaN  NaN
13  NaN  NaN  NaN
networkxpandaspandaspython