函数中的 Subprocess.call() 不会暂停调用该函数的脚本

问题描述

我查看并找到了解决方案，尝试了它们并得到了相同的结果。我尝试使用 Popen.wait()、run() 和 call()。正如其他用户所建议的，我也尝试将命令作为字符串列表传递。没用。子进程调用不会出错，所以这不是问题。

功能如下：

def blast(file):
    command = f'blastn -query {output_path}fasta_files/{file} -db {db_path} -max_hsps 1 -max_target_seqs 40 -num_threads 4 -evalue 1e-5 ' \
              f'-out {output_path}blast/{file[:-2]}txt -outfmt "6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms qstart qend ' \
              f'qlen length sstart send slen evalue mismatch gapopen bitscore stitle"'
    subprocess.Popen(command,stdout=subprocess.PIPE,shell=True).wait()

这是对函数的调用：

import blastn
from process_blast_output import *
from remove_false_sequences import *
import os

directory = '/some/path/'


if __name__ == '__main__':
    for file in os.listdir(directory + 'fasta_files'):
        if 'btcaA1_trimmed' in file:
            blastn.blast(f'{file}') # That's where the function is called
            dataframe = get_dataframe(directory + f'blast/{file[:-2]}txt')
            dataframe = get_taxonomic_data(dataframe)
            delete_false_hits(fasta_to_dictionary(dataframe),directory + f'fasta_files/{file[:-2]}fa')

我还尝试传递一个列表，而不是传递一个字符串：

subprocess.Popen(['blastn','-query',f'{output_path}fasta_files/{file}','-db',f'{db_path}','-max_hsps','1','-max_target_seqs','40','-num_threads','4','-evalue','1e-5','-out',f'{output_path}blast/{file[:-2]}txt','-outfmt',"6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms "
                                                                   "qstart qend qlen length sstart send slen evalue"
                                                                   " mismatch gapopen bitscore stitle"],stdout=subprocess.PIPE).wait()

解决方法

可能实际的问题是您设置了 stdout=subprocess.PIPE 但随后忽略了输出。如果要丢弃任何输出，请使用 stdout=subprocess.DEVNULL;如果你想让子进程正常写入标准输出，就不要设置stdout。

是否使用 shell=True（以及由单个字符串组成的第一个参数供 shell 解析）与否（在这种情况下，第一个参数应该是正确标记化的字符串列表）与等待子进程。

您通常应该避免Popen，它默认不等待。 subprocess.run() 及其旧表亲 check_call() 等。等待外部子进程。

通常，如果可以，可能会避免使用 shell=True。

def blast(file):
    subprocess.run(
        ['blastn','-query,' f'{output_path}fasta_files/{file}','-db',db_path,'-max_hsps','1','-max_target_seqs','40','-num_threads','4','-evalue','1e-5 ','-out',f'{output_path}blast/{file[:-2]}txt','-outfmt' "6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms qstart qend "
                    "qlen length sstart send slen evalue mismatch gapopen "
                    "bitscore stitle"],stdout=subprocess.DEVNULL,check=True)

你创建的子进程将被等待，但当然它仍然有可能创建了自己的分离子进程，如果子进程对调用者隐藏了这个，Python不能直接等待。

顺便说一句，您的 if __name__ == '__main__' 代码应该是微不足道的；如果你把所有有用的代码都放在这个块中，无论如何，这个文件对 import 到另一个脚本是没有用的，所以整个 __name__ 检查是没有意义的。这样做的目的是让你可以说

def useful_code():
    # lots of code here

if __name__ == '__main__':
    useful_code()

现在，如果您 python scriptname.py，那么 __name__ 将是 __main__，因此对 useful_code() 的调用将立即执行。但是如果你 import scriptname（假设你已经设置好你可以这样做，使用正确的 sys.path 等等）不会导致 useful_code 立即运行；相反，调用者决定他们是否以及何时真正想要运行这个函数（或模块中的其他一些函数，如果它包含多个）。

另外，f'{file}' 只是表示 file（或 str(file)，如果变量还不是字符串）的一种非常笨拙的方式。