将 node_size 列表插入图中的 networkx valueError

问题描述

我正在做一个程序，我正在从现有的 python 存储库构建图形。我正在使用 networkx 在所有依赖项上绘制图形，并将每个节点/文件的大小设置为相应文件的复杂度。

代码目前看起来像这样，但它确实是与此问题相关的最底层：

import ast
from radon.visitors import ComplexityVisitor
import re
import os
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

class Vert:
    def __init__(self,name,size,path,edges):
        self.name = name
        self.size = size
        self.path = path
        self.edges = edges

rootDir = "/home/ask/Git/Zeeguu-API/"
from pathlib import Path

def extract_importandClass_from_line(unline):

    x = re.search("^import (\S+)",unline) 
    x = re.search("^from (\S+)",unline) 
    return x.group(1)#,c.group(1).split('(')[0]
def extractClass(inline):
    c = re.search("^class (\S+)",inline) 
    return c.group(1).split('(')[0]


def importsAndClass(file):
    lines = [line for line in open(file)]
    classes = []
    all_imports = []
    for line in lines:
        try:
            imports = extract_importandClass_from_line(line)
            all_imports.append(imports.rsplit('.',1)[-1])
        except:
            try:
                class1 = extractClass(line)
                classes.append(class1)
            except:
                continue  
  
    return all_imports,classes

G = nx.DiGraph()
nodes = set()
nodeNames = set()
for file in Path(rootDir).rglob("*.py"):
    # opening file,and looking at contents
    f = open(file,"r")
    s = f.read()
    # analyzing complexity
    analyzer = ComplexityVisitor.from_code(s)
    # getting the file name 
    splitFile = os.path.splitext(file.name)
    #getting imports    
    imports,classes = importsAndClass(file)

    #creating vertex
    v = Vert(splitFile[0],analyzer.total_complexity,file,imports)
    nodes.add(v)
    nodeNames.add(splitFile[0])

for vert in nodes:
    G.add_node(vert.name)
    for i in vert.edges:
        if i in nodeNames:
            G.add_edge(vert.name,i)

node_sizes = [V.size * 100 for V in nodes]
plt.figure(figsize=(100,100))
nx.draw(G,font_weight='bold',with_labels = True,node_size=node_sizes)
plt.show()

所以，最后发生的事情是我有一个 Vert 对象列表，所有这些对象都有一个与它们相关的大小字段。然后我通过遍历所有这些大小并将它们乘以 100 来创建 node_sizes 列表。当我运行它时，它在调用 nx.draw() 时失败并出现以下错误。

ValueError: s must be a scalar,or float array-like with the same size as x and y

如果我从 node_size 中删除 nx.draw() 参数，那么它运行良好，并显示我的图像。这我真的不明白。什么是 s、x 和 y？

然后我做了一个玩具示例，看看它是否可以在较小的环境中工作：类垂直：

    # default constructor
    def __init__(self,edges):
        self.name = name
        self.size = size
        self.edges = edges


import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

nodes = []
nodes.append(Vert('A',1,['B','C']))
nodes.append(Vert('B',3,['D']))
nodes.append(Vert('C',4,['D']))
nodes.append(Vert('D',7,[]))
nodes.append(Vert('Y',64,[]))

G = nx.DiGraph()
for v  in nodes:
    G.add_node(v.name)
    for e in v.edges:
        G.add_edge(v.name,e)

node_sizes = [V.size * 100 for V in nodes]

nx.draw(G,node_size=node_sizes)
plt.show()

在这里，我或多或少做了同样的事情，但这次它起作用了，而且我的图形以正确的尺寸绘制。在这两个示例中，node_sizes 列表是一个整数列表。

在触发此问题的第一个示例中，我做错了什么？

编辑：

我现在做了一些调试，发现G中的节点数：

G.number_of_nodes()

是 229，而我用来构建图形的节点集中的元素数量是 272。我想这可能是问题所在。但这怎么可能？我像这样构建图表：

for vert in nodes:
    G.add_node(vert.name)
    for i in vert.edges:
        if i in nodeNames:
            G.add_edge(vert.name,i)

我在哪里迭代节点中的每个项目（这是一个集合，因此没有重复项）那么怎么可能不是节点的每个元素都被添加到图中？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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networkx python