biomart 为一个基因返回多个 ensembl id

问题描述

我必须将 scRNA-seq 数据中的基因名称转换为 ensembl ID 以进行下游分析。我使用 biomart 包转换了一些基因名称：

library(biomart)
ensembl = useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")

biomart_hgnc <- getBM(attributes = c("hgnc_symbol","ensembl_gene_id"),filters = "hgnc_symbol",values = rownames(LeeCRCtumor),bmHeader = T,mart = ensemble)

但是，它会为一个基因返回多个集合 ID，如下所示：

在这种情况下，我应该指定基因位置还是染色体编号？

解决方法

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