优化“交叉连接”pyspark Levinstein 距离查询

问题描述

在我的 pyspark 代码中，我有一个包含以下列的表格（添加了示例数据）：

id	姓名	顺序
1	一	AGCCAGC
1	b	ACCCAGC
2	一	AAGCAAA
2	c	AGCCAAA

我正在尝试构建一个图，其中每个 ID 都是一个完全独立的子图，如果两行的名称不同并且它们之间的 Levenshtein 距离小于一个常数，则两行之间存在一条边。此外，各行的序列长度也是恒定的。

代码示例：

edge_df = source_df.join(
    end_df,[F.col('source_id') == F.col('end_id'),F.col('source_name') != 
    F.col('end_name')],).withColumn(
    'edit_distance',F.levenshtein(F.col('source_sequence'),F.col('end_sequence')),).filter(
    F.col('edit_distance') <= F.lit(job_info['cutoffs']['inclusion']),).persist()

其中 source_df 和 end_df 是与上面显示的列名称相同的数据框，前缀为 source / end （内容相同）。我还根据 ID 重新分区，因为我不需要计算具有不同 ID 的行的边。

orig_df = orig_df.repartition(PARALLELISM,'id')

我的问题是有些数据非常有偏见。有些 id 有很多行，有些行很少（例如来自具有 1014 个“名称”的真实数据）：

id	row_no
1116	803683
9151	766044
12696	500045
5579	318143
2756	7083
2152	7075
5436	7050

最终我得到了一些正在工作的执行者，其余的因为他们完成了他们的部分而什么都不做。没有“id”作为键的重新分区无济于事，并行度很高。

序列应该是相似的，所以要么缓存 levenshtein 会有所帮助，但我也觉得 spark 应该将那些更大的 id 计数发送给多个执行程序，并让每个执行程序计算一批。它有这么多空闲的执行者......

如何优化问题？数据似乎分割得很好，但是因为它是一个交叉连接，所以更多的是关于 id 中每个名称的平均序列，然后只是堆叠多个 id，每个 id 都有少量行（因为它是 O(n^2)）

我使用的是带有 10 个核心 m5d.x24large 服务器的 EMR 6.3.0

非常感谢！

解决方法

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