qiime2R - qiime 到 phyloseq

问题描述

我目前在 qiime2R 中遇到了一些麻烦。我正在学习教程并卡在这里：

unwunifrac

         unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")

    unwunifrac$data$Vectors %>%
    select(SampleID,PC1,PC2) %>%
    left_join(Metadata) %>%
    left_join(shannon)
    ggplot(aes(x=PC1,y=PC2,color=`SPT_No`,shape=`Geosmin`,size=shannon_entropy)) +
    geom_point(alpha=0.5) + 
    theme_q2r() +
   scale_shape_manual(values=c(16,1),name="Geosmin") +
   scale_size_continuous(name="Geosmin") +
   scale_color_discrete(name="Location")

这是因为我的 sampleid 在我的元数据和 shannon 向量中称为 sampleid，但在未加权的 unifrac qza 文件中称为 SampleID。

有人遇到过这个问题吗？我该如何解决？最好重命名列吗？

任何帮助将不胜感激。

非常感谢

解决方法

您遇到的这个问题不清楚。您能否尝试发布一些内容来重现您从 q2R 收到的任何错误消息？