在 lua 模块文件中包含源 shell 脚本

编程问答 2022-05-03

问题描述

我正在尝试为已安装在集群上的应用程序创建模块文件。要运行该程序，我必须运行一个名为“phenix_env.sh”的脚本，其中包含以下内容：

#!/bin/sh
# 
export PHENIX="/src/phenix-1.19.2-4158"
export PHENIX_VERSION=1.19.2-4158
. $PHENIX/build/setpaths.sh

虽然“setpaths.sh”包含以下内容

# THIS IS AN AUTOMATICALLY GENERATED FILE.
# DO NOT EDIT! CHANGES WILL BE LOST.
ocwd="`pwd`"
if [ -n "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT" ]; then
  cd "$LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT"
  LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT=
  export LIBTBX_BUILD_RELOCATION_HINT
elif [ -n "$BASH_SOURCE" ]; then
  LIBTBX_BUILD=`dirname "$BASH_SOURCE[0]"`
  cd "$LIBTBX_BUILD"
else
  cd "/util/opt/phenix/1.19.2/gcc/9.1/phenix-1.19.2-4158/build"
fi
LIBTBX_BUILD=`pwd -P`
export LIBTBX_BUILD
LIBTBX_OPATH="$PATH"
export LIBTBX_OPATH
PATH="$LIBTBX_BUILD/bin:$PATH"
export PATH
# DIALS_ENABLE_COMMAND_LINE_COMPLETION
[ -n "$BASH_VERSION" ] && {
 source $(libtbx.find_in_repositories dials/util/autocomplete.sh) && source $LIBTBX_BUILD/dials/autocomplete/bash.sh || echo dials command line completion not available
}
cd "$ocwd"
ocwd=
alias libtbx.setpaths_all=". \"$LIBTBX_BUILD/setpaths_all.sh\""
alias libtbx.unsetpaths=". \"$LIBTBX_BUILD/unsetpaths.sh\""
if [ -n "$LIBTBX_OPATH" ]; then
  LIBTBX_TMPVAL="$LIBTBX_OPATH"
else
  LIBTBX_TMPVAL=
fi
export LIBTBX_TMPVAL
PATH=`libtbx.path_utility prepend LIBTBX_TMPVAL "$LIBTBX_BUILD/bin" < /dev/null`
export PATH
if [ "$PATH" = "L_I_B_T_B_X_E_M_P_T_Y" ]; then unset PATH; fi
LIBTBX_TMPVAL=
LIBTBX_OPATH=
LIBTBX_BUILD=

知道如何为其创建模块文件吗？

解决方法

你不能。
Lua 在子 shell 中执行 shell 脚本。
这意味着所有 cd 和 export 命令只会影响该子 shell，而不影响 Lua 脚本运行所在的父 shell。
换句话说，从 os.execute

返回后，您的更改将无效

如果允许 require() 使用 C 编写的 Lua 模块，则可以解决此问题。
您需要一个模块，它提供 OS 原生函数的包装器，用于更改当前目录和设置 env 变量。

,

使用最新版本的环境模块 (>=4.6)，sh-to-mod 子命令使您能够生成一个模块文件，其中包含作为参数传递的脚本所做的结果环境更改

$ module sh-to-mod sh ./phenix_env.sh 
#%Module
prepend-path    PATH /home/user/bin
set-alias       libtbx.setpaths_all {. "/home/xa/setpaths_all.sh"}
set-alias       libtbx.unsetpaths {. "/home/xa/unsetpaths.sh"}
setenv          LIBTBX_BUILD {}
setenv          LIBTBX_OPATH {}
setenv          LIBTBX_TMPVAL {}
setenv          PHENIX /src/phenix-1.19.2-4158
setenv          PHENIX_VERSION 1.19.2-4158

请注意，此处获得的结果并不完全准确，因为我刚刚复制了您描述的脚本，但我没有安装 phenix 软件，该软件被调用以完全设置环境。

另见此答案：How to automatically generate the modulefile for Intel compilers

bashenvironment-moduleslualualualuamodulefile