在 MATLAB 中加速读取 netcdf 数据

编程问答 2022-05-03

问题描述

我有一个使用 ncread() 读取多个 netcdf 文件的 matlab 脚本，它执行了大约 7220 次。它多次读取以避免内存过载。一个例子如下：

for l = 1:380

% some code here

   for r = 1:19
    
       % code here
    
       % Import
       T = ncread(sprintf(fn1,str,hx,A),'THETA',[1 1 1 valID],...
           [Inf Inf nlvs 19],[1 1 1 1]);
       eta = ncread(sprintf(fn2,'ETAN',...
           [Inf Inf 1 19],[1 1 1 1]);
       w = ncread(sprintf(fn3,'WVEL',[1 1 1 1]);

       % more code here

   end
   
   % more code here
end

当我使用相当粗糙的网格分辨率 200x200x53 (nx x ny x nz) 运行分析时，在单个节点上大约需要 11 小时。这可以。但我正在尝试分析分辨率更高的模型，所以 1000x1000x75。这意味着运行时间大约长 25 倍，因此需要大约 11 天。有没有办法可以多线程/并行读取 netcdf 数据，以便我可以使用更多节点运行脚本。或者有没有办法使用不同的 matlab 函数来加快读取速度。

我曾尝试在网上搜索有关如何加快速度的一些提示，但找不到解决方案。任何帮助真的很感激。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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matlabmatlabnetcdfparallel-processing