为什么 terra 包在使用提取功能时会删除这些值？

问题描述

我使用 terra 包从光栅文件中提取农药应用。在提取步骤中， terra 似乎删除了一些行。在这个例子中，有 19 个警告说：

无法计算最小值/最大值，在采样中找不到有效像素。 （GDAL 错误 1）

在提取步骤之后，我剩下的行变少了，而且似乎减少了一些行。

此步骤使用光栅（来自此处 Using raster to calculate the mean application and total application of pesticides,but numbers not adding up）运行良好，但不幸的是，考虑到我需要处理的文件数量，速度变慢了。

任何想法这个错误意味着什么以及如何解决它？

代码如下：

## Terra ----

data(wrld_simpl)

## Need to create a SparVector for terra
wrld_simpl = vect(wrld_simpl)

r <- terra::rast("https://raw.github.com/hansronald/pesticide-data/master/APR_Soybean_Glyphosate_2015_L.tif")

## Remove 
r <- terra::clamp(r,lower=0,values=FALSE)

# area is in ha (values in raster are kg / ha per year)
a <- terra::area(r,sum=FALSE,mask=TRUE) * 0.0001

## Get the total area that pesticide has been applied to
tot_area <- terra::extract(a,wrld_simpl,fun = sum,na.rm = TRUE)

## Calculate total application in each cell
rtot  <- r * a

## Calculate total application in each country
tot_app  <- terra::extract(rtot,na.rm = TRUE)

## Mean application rate in each country
mean_app <- terra::extract(r,fun = mean,na.rm = TRUE)

## Save data to corresponding country
world_data = data.frame(wrld_simpl$NAME,wrld_simpl$ISO3)
world_data = data.frame(world_data,mean_app,tot_app,tot_area)

解决方法

发生这种情况是因为某些多边形太小以至于无法覆盖栅格像元。现在已在 development version (terra >= 1.2.8) 中修复；但这里有一种使用 exactrextractr 包的替代方法 --- 这很快并且可以为您提供非常精确的估计，这在您的栅格单元相对较大时尤其重要（尽管 wrld_simpl相当不精确）。

library(raster)
library(sf)
library(exactextractr)
ra <- raster(a)
wsf = st_as_sf(wrld_simpl)
e <- exact_extract(ra,wsf,"sum")