问题描述
从 documentation 中，我知道我可以定义配置文件并通过
snakemake --profile <name>
我可以将这些配置文件之一设为默认配置吗（在我输入时使用
命令 snakemake)？
在 .bashrc 中定义别名是一种解决方法。但是，我想知道是否有“官方”的蛇形解决方案。
Sideremark：我对蛇形默认配置文件的最初动机是定义 默认的核心数，这样我就不必总是输入
snakemake -j [cores]
默认的核心数是“无”（对于我使用 conda 安装snakemake）。
解决方法
Description of --profile option：
--个人资料
用于配置 Snakemake 的配置文件的名称。 Snakemake 将在 /etc/xdg/snakemake 和 /home/docs/.config/snakemake 中搜索相应的文件夹。或者，这可以是绝对或相对路径。配置文件文件夹必须包含一个文件“config.yaml”。此文件可用于为 YAML 格式的命令行选项设置默认值。例如，“--cluster qsub”在 YAML 文件中变为“cluster: qsub”。个人资料可以从 https://github.com/snakemake-profiles 获得。
如果您的个人资料位于 /etc/xdg/snakemake 或 /home/docs/.config/snakemake 下，snakemake 会自动使用它们。