使用点和数字对字母进行排序的排序选项

问题描述

我想用 join 合并两个文件 文件 1 就像：

Salmonella_enterica_subsp_enterica_Infantis   lcl|CP052796.1_prot_QJV25804.1_4153
...

而 file2 是：

...
Prot    lcl|CP052796.1_prot_QJV25804.1_4153 98.701  100
...

我想得到一个这样的文件：

Prot Salmonella_enterica_subsp_enterica_Infantis lcl|CP052796.1_prot_QJV25804.1_4153 98.701 100 

我尝试使用 join -1 2 -2 2 -o 2.1 1.1 2.2 2.3 2.4 file1 file2 但 join 给出警告“join: file2: is not sorted”。

我尝试在这之前对这两个文件进行排序，例如 sort -k2,2 file1，但它不起作用。对这种类型的链条进行排序有什么想法吗？ 谢谢！

解决方法

如果 awk 是您的选择，请您试试：

awk '
    # the following block processes File1
    NR==FNR {
        f1[$2] = $1     # associate the 1st field with 2nd field in File1
        next
    }
    # the following block processes File2
    f1[$2] {            # if the 2nd field is found in File1
        print $1,f1[$2],$2,$3,$4
    }
' File1 File2

使用提供的示例输出：

Prot Salmonella_enterica_subsp_enterica_Infantis lcl|CP052796.1_prot_QJV25804.1_4153 98.701 100