stats.pearsonr 不支持 + 的操作数类型：'float' 和 'numpy.str_'

编程问答 2022-05-01

问题描述

我正在使用 stats.pearsonr 来查找 r 值，该值可用于计算数字的两个向量（列表）之间的相似性，例如基因表达值。 dic[gene[i]] 和 dic[gene[j]] 都是列表

 dic[gene[j]] = ['145.544','135.24','56.5138','135.826','100.222','67.9036','71.9729','64.8282','98.5264','8.81885','74.5485','36.8456','165.306','137.346']
dic[gene[i]] =['157.156','431.292','401.941','243.974','196.058','8.54743','527.666','603.364','189.298','165.956','81.9865','214.528','511.015','431.634']

但是，即使列表包含浮点数，我似乎也无法运行代码

      network = []
        
   
    for i in range(len(gene)):
      for j in range(i):
        r,p = stats.pearsonr(dic[gene[i]],dic[gene[j]])
        if r>0.99:
          network.append([gene[i],gene[j]])
    
    print(len(network))

这是我的错误

/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/scipy/stats/stats.py in pearsonr(x,y)
   3512     # that the data type is at least 64 bit floating point.  It might have
   3513     # more precision if the input is,for example,np.longdouble.
-> 3514     dtype = type(1.0 + x[0] + y[0])
   3515 
   3516     if n == 2:

TypeError: unsupported operand type(s) for +: 'float' and 'numpy.str_'

知道怎么做吗？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

dictionarylistlistpearsonpearson-correlationrangerange