问题描述
我正在使用 7 pH 的 PARSE 力场为 5v8k 色素-蛋白质复合物生成 pqr 文件。 5v8k.pdb 文件包含整个复合体的一侧，还有一个生物组装体 pdb 包含两个相同的一侧。
我得到不同的整体复杂蛋白质电荷和单个原子电荷，这取决于我是从生物组装 pdb 生成 pqr 还是从每侧的 2 个单独 pdb 生成它并添加结果。对于生物组装，我得到：
该蛋白质的总电荷：13.0000 e
对于每一方我得到：
该蛋白质的总电荷：10.0000 e
同样匹配的原子在这两个 pqr 上具有不同的电荷。哪些结果更可靠，为什么会有变化？
不要担心 PDB2PQR 无法解析色素分子 - 我已经知道了。
解决方法
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