问题描述
在使用 KNN 拟合我的估计器之前,如何使用 sklearn RFECV 方法选择要传递给 LineardiscriminantAnalysis(n_components=2) 方法的最佳特征以进行降维。
pipeline = make_pipeline(normalizer(),LineardiscriminantAnalysis(n_components=2),KNeighborsClassifier(n_neighbors=10))
X = self.dataset
y = self.postures
min_features_to_select = 1 # Minimum number of features to consider
rfecv = RFECV(svc,step=1,cv=None,scoring='f1_weighted',min_features_to_select=min_features_to_select)
rfecv.fit(X,y)
print(rfecv.support_)
print(rfecv.ranking_)
print("Optimal number of features : %d" % rfecv.n_features_)
Plot number of features VS. cross-validation scores
plt.figure()
plt.xlabel("Number of features selected")
plt.ylabel("Cross validation score (nb of correct classifications)")
plt.plot(range(min_features_to_select,len(rfecv.grid_scores_) + min_features_to_select),rfecv.grid_scores_)
plt.show()
我从这段代码中得到以下错误。如果我在没有 LineardiscriminantAnalysis() 步骤的情况下运行此代码,则它可以工作,但这是我处理的重要部分。
*** ValueError: when `importance_getter=='auto'`,the underlying estimator Pipeline should have `coef_` or `feature_importances_` attribute. Either pass a fitted estimator to feature selector or call fit before calling transform.
解决方法
您的方法存在一个整体问题:KNeighborsClassifier
没有对特征重要性的内在度量。因此,它与 RFECV
不兼容,因为它的文档说明了分类器:
具有拟合方法的监督学习估计器,通过 coef_ 属性或通过 feature_importances_ 属性提供有关特征重要性的信息。
你肯定会失败 KNeighborsClassifier
。您肯定需要另一个分类器,例如 RandomForestClassifier
或 SVC
。
如果您可以选择另一个分类器,您的管道仍然需要在您的管道中公开估计器的特征重要性。为此,您可以在此处参考此 answer,它为此定义了一个自定义管道:
class Mypipeline(Pipeline):
@property
def coef_(self):
return self._final_estimator.coef_
@property
def feature_importances_(self):
return self._final_estimator.feature_importances_
像这样定义你的管道:
pipeline = MyPipeline([
('normalizer',Normalizer()),('ldm',LinearDiscriminantAnalysis(n_components=2)),('rf',RandomForestClassifier())
])
它应该可以工作。