仅删除 txt 文件中的部分字符行 - chr string

问题描述

我想使用 bash 删除以下 txt 文件中的字符串“chr”：

    FO538757.1      chr1:183937
    AL669831.3      chr1:601436
    AL669831.3      chr1:601667
    AL669831.3      chr1:609395
    AL669831.3      chr1:609407
    AL669831.3      chr1:611317

所以最终文件看起来像：

FO538757.1      1:183937
AL669831.3     1:601436
AL669831.3     1:601667
AL669831.3     1:609395
AL669831.3     1:609407
AL669831.3     1:611317

2. 我检查了以前的线程并尝试过：

   sed 's/^chr//' 
    awk 'BEGIN {OFS=FS="\t"} {gsub(/chr1/,"1",$2)}2'
   

3. 他们都没有工作。这里有比 awk 更好的选择吗？

谢谢！

解决方法

我怀疑你真正需要的是：

sed 's/chr//' file

,

您可以使用 sed 和两个表达式轻松完成此操作，(1) 第一个删除 chr，第二个删除前导空格，例如

sed -e 's/chr//' -e 's/^[[:blank:]]*//'  file

示例使用/输出

如果您在名为 file 的文件中输入，您会

$ sed -e 's/chr//' -e 's/^[[:blank:]]*//'  file
FO538757.1      1:183937
AL669831.3      1:601436
AL669831.3      1:601667
AL669831.3      1:609395
AL669831.3      1:609407
AL669831.3      1:611317

,

使用您显示的示例，请尝试以下操作。简单的解释是：在第 2 个字段中用 NULL 替换起始 chr 然后打印该行，这将导致当前行的重建，并且初始空格也将从行中删除。

awk '{sub(/^chr/,"",$2)} 1' Input_file

如果您的 Input_file 是制表符分隔的并且在文件开头有制表符，请尝试以下操作：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {sub(/^chr/,$3);sub(/^\t+/,"")} 1' Input_file

,

将 bash shell 与 Parameter Expansion 和 mapfile aka readarray 一起使用

#!/usr/bin/env bash

shopt -s extglob

mapfile -t array < file.txt

array=("${array[@]##+([[:space:]])}")

printf '%s\n' "${array[@]/chr}"

---

在脚本中 extglob 必须启用，但在命令行中它可能已经启用，所以在一行中

mapfile -t array < file.txt; array=("${array[@]##+([[:space:]])}"); printf '%s\n' "${array[@]/chr}"

对于大量数据/文件来说会很慢，jfyi