问题描述
我已经使用 conda 安装了 mambaforge 环境以使用 snakemake。我已按照 Snakemake setup tutorial 的说明安装 mambaforge。我已经创建了环境并创建了一个 .py 文件，但是当我尝试运行它时，它显示的是纯代码而不是编译它。当我去修复它并在我的 Conda environment 中添加一个 PyCharm interpreter 时，它显示了以下错误：
我尝试通过浏览到 conda executable path 添加 mambaforge/bin/conda，但它仍然显示错误。
which conda 来找到正确的路径，但我没有给我提供以下显示的路径，而是在 which conda 环境以及我的设置环境中尝试了 conda base，它返回的所有内容如下：
我确定我的 conda 环境设置为 conda --version 命令显示我已安装的版本。
解决方法
我不知道 mambaforge conda 发行版，我使用 Anaconda/Miniconda 发行版并安装了 mamba 模块，所以我可以使用终端（即从命令行）创建一个 snakemake 环境并在 PyCharm 设置中注册为 Python 解释器作为“Conda 环境 | 现有环境”（请参阅您的第一个屏幕截图）。
所以我建议你：
- 检查“现有环境”是否适合您，例如能够找到您的 conda 环境（例如 base 或其他环境）。
- 您可以在my detailed guide的帮助下设置 Anaconda/Miniconda + mamba + 配置 PyCharm 以使用 Snakemake。
P.S：我总是使用命令行运行 snakemake 脚本，例如从捆绑到 PyCharm 的终端，或者只是系统终端应用程序或远程服务器上。我不使用 PyCharm 运行配置。至于 PyCharm，我将它与 SnakeCharm 插件一起使用，以获得良好的 snakemake 和 python 代码编辑支持