非标准评估不起作用：h(simpleError(msg, call)) 中的错误

问题描述

这是我想做的工作的示例。

# interactive use
subset(iris,Species=="setosa")

# as a function
fn <- function(level,choice) {
  x <- paste0(level,"==","'",choice,"'")
  subset(iris,eval(parse(text=x)))
}
fn("Species","setosa")

如上面的函数所示，我想以编程方式指定“Species”和“setosa”，并将它们组合起来形成一个表达式。那行得通。

但是，这似乎不适用于我正在使用的另一个包。

#Biocmanager::install("phyloseq")
library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)

# interactive use,this works
subset_taxa(GlobalPatterns,Kingdom=='Archaea')

# as a function,this doesn't work
fn <- function(level,"'")
  subset_taxa(GlobalPatterns,eval(parse(text=x)))
}
fn(level="Kingdom",choice="Archaea")


Error in h(simpleError(msg,call)) : 
  error in evaluating the argument 'expr' in selecting a method for function 'eval': object 'x' not found 

该函数的行为是否有所不同，还是我做错了什么？

R 4.0.2
phyloseq_1.34.0

解决方法

phyloseq 包的作者提供的解决方案：

library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)

fn <- function(ps,level,choice) {
        x <- paste0(level,"==","'",choice,"'")
        oldTax <- data.frame(tax_table(ps))
        newTax <- subset(oldTax,eval(parse(text=x)))
        tax_table(ps) <- tax_table(as.matrix(newTax))
        return(ps)
}

fn(GlobalPatterns,level="Kingdom",choice="Archaea")