绘制一棵树 - 折叠节点向量

问题描述

我正在尝试使用 ggtree 绘制一棵大树，但是由于它的大小，我想折叠多个节点。我正在学习一个教程，但它当时会折叠一个节点，这在我的情况下不是一个选项。

这是我的代码：

library(ggtree)
library(ape)
library(ggplot2)
library(colorspace)
library(Biostrings)
library(phytools)
library(treeio)
library(dplyr)
library(readr)
library(tidyr)
library(reshape2)


tempnwk<- "((('clade01_1':1.35E-4,('clade01_2':1.0E-6,'clade01_3':1.0E-6):3.3E-5):3.3E-5,('clade02_1':2.7E-4,'clade02_2':3.3E-5):3.3E-5):1.0E-6,'clade03_1':1.0E-6);"  
testTree0 <- read.tree(text = tempnwk)
#
testcollapse0<- ggtree(testTree0)

#Now,this works:
#
testcollapse0b<- testcollapse0 %>% collapse(node = 10) +
  geom_point2(aes(subset=(node==10)),shape=21,size=5,fill='green')
testcollapse0b<- collapse(testcollapse0b,node = 11) +
  geom_point2(aes(subset=(node==11)),fill='red')

testcollapse0b ####This works
#
#
##############THis does not:
nodes2go<- c(10,11)
myTestCols<- c('green','red')
testcollapse1<- testcollapse0
for(i in 1:2) {
  testcollapse1<- collapse(
    testcollapse1,node = nodes2go[i])  +
    geom_point2(
      aes(subset=(node==i)),shape=23,size=7,fill=myTestCols[i])
}
rm(i)
#
testcollapse1 + geom_text(aes(label=label))
#
#Error in FUN(X[[i]],...) : object 'i' not found

我需要一些帮助，我不知道如何解决。我查看了 drop.tip，但我不确定这是我想要的，因为我仍然想要折叠节点所在的彩色点。

期待您的反馈，感谢您的关注。

解决方法

嗯，

在等待一个理智的方法来做这件事的时候，快速而肮脏的将完成这项工作：

myTestCols2<- c("'green'","'red'")
testcollapse2<- testcollapse0
teststring0<- "testcollapse2<- collapse(testcollapse2,node=NODE)  + geom_point2(aes(subset=(node==NODE)),shape=23,size=7,fill=COLOR);"
testString2<- character()
for(i in 1:2) {
  indString<- gsub(
    pattern = "NODE",replacement =  nodes2go[i],x = teststring0)
  indString<- gsub(
    pattern = "COLOR",replacement = myTestCols2[i],x = indString)
  testString2<- c(testString2,indString)
} 
rm(i,indString)
#
#Run the command
eval(parse(text = testString2))
##And now plot:
testcollapse2

是的，我知道必须有更好的方法来做到这一点 ?