与 guix

编程问答 2022-04-29

问题描述

我实际上正在评估不同的解决方案，以增强/探索在我的 R/Python 科学工作流程中的可再现性：具有可再现分析（绘图、分析）和纸张的数据。

如您所知，有两大 Linux 版本提供了一些解决方案：Nix 和 Guix

在 nix 中，通常描述的使用 R 开发的方式是，例如，使用 rWrapper 和 rPackages :

pkgs.rWrapper.override{ packages = with pkgs.rPackages; [tidyverse rmarkdown]; };

我的问题（不是那么...）很简单，就像 Python 一样，众所周知，R 在可重复性方面是一场噩梦，即使在中期也是如此。为了好玩，您可以尝试使用最新版本的 R 运行 2 年以来的 ggplot2 代码...

为了为科学论文提出一个从相同数据产生相同结果的薄片，我有兴趣在推导中修复 R 的版本和用于计算分析或绘图的 R 包的版本。> 

{
description = "Generate R result from simulation";

inputs = {
    nixpkgs.url = "nixpkgs/nixos-20.09";
    utils.url = "github:numtide/flake-utils";

};

outputs = {self,nixpkgs,utils,mach-nix } : (utils.lib.eachDefaultSystem
    (system :
    let
        pkgs = nixpkgs.legacyPackages.${system};
        REnv = pkgs.rWrapper.override{ packages = with pkgs.rPackages; [tidyverse rmarkdown]; };

        buildrScripts = { stdenv,fetch,... }: stdenv.mkDerivation {
        name = "myscript";
        src = self;
        nativeBuildInputs = [ REnv ];
        dontBuild = true;
        buildInputs = [ pkgs.pandoc pkgs.unzip ];
 
        installPhase=''
            mkdir $out
            cd $out
            ${REnv}/bin/Rscript -e 'rmarkdown::render("test.Rmd")
        '';
  in {
      defaultPackage = self.packages.${system}.buildrScripts;
     }
  ));}

例如，我怎样才能更精确地定义我想要使用的，编译我的 test.Rmd，只有 tidyverse 1.3.1 和 R 4.1.O ？即使在 5 年内？

我发现 Guix 显示了 R 和 tidyverse 的不同可用包/版本：

tidyverse.1.3.1 需要的版本已经清晰呈现：

使用 rPackages 中的 Nix 我寻找一种方法来实现类似的目标，即。一种将 R 或 R 包的版本显式引用到派生中的方法，但我没有找到。

有了 rPackages here nix 开发者已经提供了很好的基础，但也许我们需要更多......

我们如何才能使用 Nix 共同在 R 包上实现更好的可重复性？我对任何想法感兴趣？

也许我们可以直接从 cran 存档中获取包的源并编译它？例如 tidyverse ：

Ps：我知道 Nix 和 Guix 都是 https://archive.softwareheritage.org/ 的合作伙伴，这是一种归档和调用 cran 包的好方法：

Ps : 答案也可以添加到 https://nixos.wiki/wiki/R

更新 1

在与 nix discord 上的一些优秀人士讨论后，我了解到 nix 不需要版本，因为 flake.nix + flake.lock 存储哈希（请参阅 nix flake 元数据）将我的构建和下载与 nixpkgs 上的非常具体的提交链接起来。

但这并不能解决：

  • 这个包链接/需要的 tar.gz 源问题在这个非常具体的提交中由 RPackages 声明？我想软件遗产会在这一点上有所帮助吗？
  • 某些 R 版本与 R 版本的软件包不兼容的常见问题。例如，您使用 R 3.0.0 和 tidyverse 1.2.3 编写代码，您更新了 R 版本，因为其他一些包需要更新并且仅适用于 R 3.2.0 可用的依赖项，但是 ahum，R 3.2.0 不存在 tidyverse 1.2.3 ...修复版本并访问旧的 tar.gz 解决了这个问题的一部分我想。

我们如何使用 nix 定义这样的东西？

更新 2

似乎有人构建了一个 unofficial index 来帮助人们使用 tidyverse 搜索旧版本的 Ex 包：https://lazamar.co.uk/nix-versions/?channel=nixpkgs-unstable&package=r-tidyverse

感谢@dram 提供有关此问题的链接和讨论。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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