问题描述
我想在 R 中生成一个圆形的分支图。我正在尝试 ape 包并且可以生成这样的东西:
plot(tree,'f',use.edge.length=F)
现在我对这里的边缘看起来不太满意。我尝试了 evolview 网络服务器,它让我得到了这样的东西,它看起来好多了,尤其是在边缘方面。
谁能建议其他 R 包或使用 ape 包的不同方法,以获得与 evolview 树类似的结果?
解决方法
对我来说突出的两个主要区别是标签的大小和边缘的相对长度。
可以使用 cex
图形参数(使用 par()
,或作为 plot()
的参数)控制标签大小。
通过将 $edge.length
属性替换为 1
的向量,可以将统一边长添加到树中:
par(cex = 0.8) # Shrink text
tree$edge.length <- rep_along(1,tree$edge.length)
plot(tree,'f',use.edge.length = TRUE)