如何在 R 中创建圆形分支图?

问题描述

我想在 R 中生成一个圆形的分支图。我正在尝试 ape 包并且可以生成这样的东西:

plot(tree,'f',use.edge.length=F)

enter image description here

现在我对这里的边缘看起来不太满意。我尝试了 evolview 网络服务器,它让我得到了这样的东西,它看起来好多了,尤其是在边缘方面。

enter image description here

谁能建议其他 R 包或使用 ape 包的不同方法,以获得与 evolview 树类似的结果?

解决方法

对我来说突出的两个主要区别是标签的大小和边缘的相对长度。

可以使用 cex 图形参数(使用 par(),或作为 plot() 的参数)控制标签大小。

通过将 $edge.length 属性替换为 1 的向量,可以将统一边长添加到树中:

par(cex = 0.8) # Shrink text
tree$edge.length <- rep_along(1,tree$edge.length)
plot(tree,'f',use.edge.length = TRUE)