使用 ggtree 为系统发育树的提示着色

问题描述

我的编码经验非常有限，所以请耐心等待！

我有一个 newick 树和一个 .txt 文件，其中包含分配给不同克隆编号的不同单元格编号，如下所示：

我已经按照 PHE: Bioinformatics 页面中的步骤操作，我得到的只是所有提示上的一种颜色，似乎没有按克隆编号对单元格进行分类。

这是结果图的图像：

library("ggplot2")
library("ggtree")
nwk <- ("/Users/Nisu/Downloads/True.nwk")
tree <- read.tree(nwk)
p <- ggtree(tree,right = TRUE)
tip_Metadata <- read.table("/Users/Nisu/Downloads/TallG5clone_50_9_True_cloneAnno.txt",sep="\t",col.names = c("Clone","Cell"),header=TRUE,check.names=FALSE,stringsAsFactor=F)
p <- p %<+% tip_Metadata + geom_tippoint(aes(color= "Clone"),size=3)
plot(p)

解决方法

这很可能是因为您在 "Clone" 中添加了引号。不应引用数据中的变量。因此它应该是geom_tippoint(aes(color= Clone)。
下面是一个示例：添加不带引号的 aes colour = class：

library(ggplot2)

ggplot(mpg,aes(displ,hwy,colour = class)) + 
  geom_point()

现在加引号：

ggplot(mpg,colour = "class")) + 
  geom_point()