问题描述
Programs used include:
library(phytools)
library(adephylo)
library(geiger)
library(nlme)
library(evomap)
library(caper)
library(scales)
library(coda)
library(ggplot2); theme_set(theme_light())
library(HDInterval)
df <- rbind(amphibian,turtles)
df <- rbind(df,crocs)
df <- rbind(df,squamata)
df <- rbind(df,bird)
df <- rbind(df,mammal)
> str(df)
'data.frame': 1721 obs. of 5 variables:
$ species: chr "Ambystoma_cingulatum" "Ambystoma_dumerilii" "Ambystoma_jeffersonianum" "Ambystoma_macrodactylum" ...
$ diel : chr "NOC" "NOC" "ARR" "NOC" ...
$ MaxDIU : chr "NOC" "NOC" "DIU" "NOC" ...
$ MaxNOC : chr "NOC" "NOC" "NOC" "NOC" ...
$ Tp : num 18.7 17.9 17.8 21 8.3 ...
> summary(df)
species diel MaxDIU
Length:1721 Length:1721 Length:1721
Class :character Class :character Class :character
Mode :character Mode :character Mode :character
MaxNOC Tp
Length:1721 Min. : 6.00
Class :character 1st Qu.:32.40
Mode :character Median :36.50
Mean :34.91
3rd Qu.:39.60
Max. :44.60
> summary(myTree)
Phylogenetic tree: myTree
Number of tips: 0
Number of nodes:
No branch lengths.
No root edge.
Tip labels:
No node labels
> data <- comparative.data(data = df,phy = myTree,names.col = "species")
制表错误(phy$edge[,1]) : 'bin' 必须是数字或因子
我在继续分析时不断收到此错误，我认为这与 myTree 太大而无法完成超过 1000 种物种的阅读有关，但我不确定。如何编辑系统发育树，以便我不再收到此错误并能够使用我的比较方法？我开始认为这与我的树在收到摘要结果后上传的方式有关...
由于遵循提供给我的示例，我不完全确定哪个程序运行了 Comparative.data 函数（我以前没有使用过这个函数）。
感谢任何帮助。
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）