问题描述
我正在使用 Rcpp 将 C++ 程序包装在 R 包中。我的 C++ 程序需要以下头文件:
#include "htslib/sam.h"
在编译之前,我通常会在 Ubuntu 中加载以下模块:
htslib/1.11-GCC-9.3.0
我通常使用 GCC/9.3.0 在 Ubuntu 中使用以下标志编译 C++ 脚本:
g++ scriptname.cpp -Ihtslib -Lhtslib -lhts
由于我是通过 Rcpp 从 R 访问程序,所以我不知道如何加载 htslib 模块。当我尝试“清理并重建”包时,出现以下错误:
Fatal error: htslib/sam.h: No such file or directory
#include "htslib/sam.h"
^
compilation terminated.
我有两个问题:
我创建了一个最小的头文件、.R 文件和 C++ 源脚本。该脚本打开一个 bam 文件并输出读取的染色体名称和位置。这些文件并不代表我想要运行的实际程序(它太长且太复杂,无法包含在此处),但是当我尝试使用 Rcpp 构建包时会产生相同的错误。
C++ 源文件:
#include "htslib/sam.h"
#include <string>
#include <iostream>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <Rcpp.h>
#include "htslibBasics.h
void OpenBam(std::string command_string){
// Stores filename and converts to character string
const char * char_command;
char_command = command_string.c_str();
// Opens bam file
samFile *fp = sam_open(char_command,"r");
// Opens bam header
bam_hdr_t *h = sam_hdr_read(fp);
// Initialize an alignment
bam1_t *b = bam_init1();
while(sam_read1(fp,h,b) >= 0) {
if (b->core.tid < 0){
continue;
}else{
std::cout << h->target_name[b->core.tid] << "\t" << b->core.pos << "\t" << bam_endpos(b) << std::endl;
}
}
/*
* Destroy the alignment and header which have been read into the C++ program
* and close the sam file.
*/
bam_destroy1(b);
bam_hdr_destroy(h);
sam_close(fp);
}
头文件:
#ifndef OPEN_BAM
#define OPEN_BAM
//' Documentation
//' @param command_string Documentation
// [[Rcpp::export]]
void OpenBam(std::string command_string);
#endif // OPEN_BAM
R 文件:
## usethis namespace: start
#' @useDynLib htslibBasics,.registration = TRUE
## usethis namespace: end
NULL
## usethis namespace: start
#' @importFrom Rcpp sourceCpp
## usethis namespace: end
NULL
#' Documentation
#' @export
OpenBam <- function(command_string) {
.Call(`_htslibBasics_OpenBam`,command_string)
}
R 文件位于包的“R”目录中,而 C++ 脚本和头文件位于“src”目录中。
解决方法
我想通了:原来答案很简单。我粗略地关注了 Dirk Eddelbuettel 的小插图 (https://cloud.r-project.org/web/packages/Rcpp/vignettes/Rcpp-libraries.pdf),并结合了来自网络的大量信息。
在命令行中,我导航到系统上的 HTSlib 目录:
cd /sw/eb/sw/HTSlib/1.11-GCC-9.3.0/
接下来,我导航到包含 htslib 头文件的目录,并将它们移动到 R 包的 src/ 目录:
cd include/htslib
cp *.h /home/annabelperry/R/HTSlibBasics/src/
然后,我导航到我的 C++ 源文件并将标题 include "htslib/sam.h"
更改为 include "sam.h"
,因为我的 sam.h 文件不再在 htslib 目录中。
然后我导航到 HTSlib 库目录并将每个文件复制到我的 R 包外的一个目录中。 (注意:我尝试复制整个目录并移动它,但这导致了编辑访问问题)。
cd /sw/eb/sw/HTSlib/1.11-GCC-9.3.0/lib
cp libhts.a /home/annabelperry/R/lib/
cp libhts.so /home/annabelperry/R/lib/
cp libhts.so.1.11 /home/annabelperry/R/lib/
cp libhts.so.3 /home/annabelperry/R/lib/
cd pkgconfig
cp htslib.pc /home/annabelperry/R/lib/pkgconfig/
然后我在 src/ 目录中为我的 R 包创建了一个名为 Makevars
的文件并输入:
CXX_STD = CXX11
PKG_CXXFLAGS = -Ihtslib
PKG_LIBS = -L/home/annabelperry/R/lib -lhts -Wl,-rpath,/home/annabelperry/R/lib
-L
链接器标志给出了在其中查找库文件的目录,而 -l
链接器标志给出了库文件的基本名称。
当我尝试构建包时,我收到一条错误消息,指出找不到 libcrypto.so.10
库。我将此库从其原始目录 /usr/lib64
移至 /home/annabelperry/R/lib/
目录以及我的其余库文件。
我还必须从我的源代码中删除所有 std::cout
调用,因为它们与 Rcpp 不兼容。
在此之后,我可以成功构建包。