使用Cython封装一个库，该库封装另一个库

问题描述

| 我的目标是使用Cython包装Apohenia库，这是一个用于科学计算的C库。 这是不重建轮子的一种努力，并且Apophenia本身也试图通过基于GNU科学图书馆的结构来做到这一点：

typedef struct {
  gsl_vector *vector;
  gsl_matrix *matrix;
  gsl_vector *weights;
  apop_names *names;
  ...
} apop_data;

Apophenia提供了许多GSL不提供或笨拙地提供的向量/矩阵运算，但是如果GSL具有功能，则没有必要重写它。您应该能够根据需要经常编写在整个often1集及其GSL部分之间跳转的C代码，例如：

apop_data *dataset = apop_text_to_data(\"infile.csv\"); //fill the matrix element
gsl_vector *minv = apop_matrix_inverse(dataset->matrix);
apop_data *dinv = apop_matrix_to_data(minv);
apop_data *identity_matrix = apop_dot(dataset,dinv); // I = D * D^-1
dataset->vector = gsl_vector_alloc(10);
gsl_vector_set_all(dataset->vector,1);

我不确定如何在Cython中包装它。典型的方法似乎是提供一个Python端结构，其中包含要包装的C结构的内部副本：

\"\"\"I\'m omitting the Cython declarations of the C structs and functions,which are just translations of the C declarations. Let those be in c_apop.\"\"\"

cdef class apop_data:
   cdef c_apop.apop_data *d

   def set(self,row,col,val):
       c_apop.apop_data_set(self.d,val)

   def get(self,col):
       c_apop.apop_data_get(self.d,col)

   [et cetera]


cdef class gsl_vector:
   cdef c_apop.gsl_vector *v

   def set(self,val):
       c_apop.gsl_vector_set(self.v,row)

   def get(self,row):
       c_apop.gsl_vector_get(self.v,row)

   [et cetera]

但是现在我们陷入困境，因为如果要从数据集中获取vector元素，

 pyd = apop_data(10)
 v = pyd.d.vector

v

是原始C

gsl_vector

，而不是python对象，因此下一行不能是

v.get(0)

或

v.set(0,1)

。 我们可以将方法添加到名为

vector_get

和

vector_set

的

apop_data

类中，这些方法将返回python-wrapped

gsl_vector

，但是会产生自己的问题：如果用户从

pyv = pyd.get_vector()

重新分配py-vector的C向量，我们如何保证

pyd.d.vector

重新分配了吗？ 我已经尝试了几件事，但我感觉每次都错过了重点。关于如何针对这种情况最佳设计Cython类的任何建议？     

解决方法

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