将输出重定向到提要作为命令行的输入？

问题描述

| 我想在bash脚本中运行以下代码：

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic < samtools view -b -u -q 1 $n_b \\
| samtools pileup -f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \\
| samtools pileup -f $r - output

其中$ n_b和$ t_b是文件。 Java躯体函数需要2个参数。所以

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r

是参数之一，

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

是另一个参数。这两个参数本身都是可执行的。 所以我想要的是

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -

然后先执行

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

输出成为体细胞的输入。     

解决方法

        [编辑]我想我现在已经理解了您的问题，如果我错了，请纠正我。 让我们从最简单的示例开始，该示例具有与示例相同数量的不同命令行。假设您有三个程序，即'somatic \'，\'samtools1 \'和\'samtools2 \'。体细胞接受两个参数，而samtools1和samtools2不接受。 让我们进一步想象一下，当运行samtools1时，它会产生一个单词''output1 \'。同样，让我们​​想象一下，当运行samtools2时，它会产生一个单词''output2 \'。然后，您想运行命令

somatic output1 output2

作为命令行。 实现这一目标的方法是

somatic `samtools1` `samtools2`

不涉及重定向。 或详细地讲，使用您的原始示例，例如

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic `samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -` `samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r - output`

尽管`和|之间可能存在一些相互作用。需要一些括号或引号。我实际上并没有尝试运行它。 [旧材料留给审核] 您的问题对我来说还不是很清楚：您是否想重定向输出还是编写命令行？我怀疑您是说后者，因为您谈论的是两个参数，并且只有1个标准输入。 如果要从命令输出中制定命令行参数，则要使用的bash语法为反引号\'`\' 例如，要运行以日期作为其命令行参数argumemt的命令\'mycommand \'，可以使用

mycommand `date`

它将运行date命令，并将命令的输出用作mycommand的第一个参数。     ,        可能不是答案，因为我对这个问题缺乏理解： 我会用 （samtools视图-b -u -q 1 $ n_b | samtools stackup -f $ r-; \\      samtools视图-b -u -q 1 $ t_b | samtools堆积-f $ r-）\\     | java -jar VarScan.v2.2.jar躯体输出     ,        我的问题的解决方案位于： https://gist.github.com/1022747