R：使用ggplot2绘制具有分位数的时间序列

问题描述

|| 我需要用ggplot2绘制时间序列。对于时间序列的每个点，我也有一些分位数，例如0.05、0.25、0.75、0.95，即每个点有五个数据。例如：

time           quantile=0.05  quantile=0.25 quantile=0.5  quantile=0.75   quantile=0.95
00:01          623.0725       630.4353      903.8870       959.1407       1327.721
00:02          623.0944       631.3707      911.9967      1337.4564       1518.539
00:03          623.0725       630.4353      903.8870      1170.8316       1431.893
00:04          623.0725       630.4353      903.8870      1336.3212       1431.893
00:05          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:06          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:07          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:08          623.0780       631.3483      905.3496      1056.3719       1375.610
00:09          623.0671       630.4275      903.8839      1170.8196       1356.963
00:10          623.0507       630.0261      741.8475      1006.1208       1462.271

理想情况下，我希望将0.5个分位数作为黑线，将其他分位数作为围绕黑线的阴影颜色间隔。最好的方法是什么？我一直走运没有运气，我找不到这样的例子，ggplot2更是如此。 任何帮助，将不胜感激。 Salud！     

解决方法

        这是您想要的吗？

ggplot

的诀窍是要理解它希望使用长格式的数据。这通常意味着我们必须在准备好绘制数据之前对数据进行转换，通常使用

melt()

。 使用

textConnection()

读取数据并创建一个名为

dat

的对象后，请执行以下步骤：

#Melt into long format 
dat.m <- melt(dat,id.vars = \"time\")

#Not necessary,but if you want different line types depending on quantile,here\'s how I\'d do it
dat.m <- within(dat.m,lty <- ifelse(variable == \"quantile.0.5\",1,ifelse(variable %in% c(\"quantile.0.25\",\"quantile.0.75\"),2,3)
    )
)

#plot it
ggplot(dat.m,aes(time,value,group = variable,colour = variable,linetype = lty)) + 
  geom_line() +
  scale_colour_manual(name = \"\",values = c(\"red\",\"blue\",\"black\",\"red\"))

给你： 再次阅读您的问题后，也许您想要中位数估计值之外的阴影色带而不是线条？如果是这样，请旋转一下。唯一真正的窍门是，我们将

group = 1

作为美学因素传递给

geom_line()

，使其在因子/字符数据中表现正常。以前，我们按作用相同的变量分组。还要注意，我们不再使用“ 8”格式的data.frame，因为在这种情况下，宽的data.frame将适合我们。

ggplot(dat,aes(x = time,group = 1)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.05,ymax = quantile.0.95,fill = \"05%-95%\"),alpha = .25) + 
  geom_ribbon(aes(ymin = quantile.0.25,ymax = quantile.0.75,fill = \"25%-75%\"),alpha = .25) +
  geom_line(aes(y = quantile.0.5)) +
  scale_fill_manual(name = \"\",values = c(\"25%-75%\" = \"red\",\"05%-95%\" = \"blue\")) 

编辑：将图例强制为预测值 我们可以使用与

geom_ribbon()

层相同的方法。我们将美学添加到

geom_line()

，然后将其值设置为

scale_colour_manual()

：

ggplot(dat,alpha = .25) +
  geom_line(aes(y = quantile.0.5,colour = \"Predicted\")) +
  scale_fill_manual(name = \"\",\"05%-95%\" = \"blue\")) +
  scale_colour_manual(name = \"\",values = c(\"Predicted\" = \"black\"))

可能有更有效的方法来执行此操作，但这是我一直使用的方法，并取得了很好的成功。 YMMV。     ,        假设您的dat.frame称为

df

： 最简单的“ 1”解决方案是使用箱线图几何。这给出了一条黑色的中心线，中间和较高位置带有填充框。 由于您已经预先汇总了数据，因此指定

stat=\"identity\"

参数很重要：

ggplot(df,aes(x=time)) + 
    geom_boxplot(
        aes(
          lower=quantile.0.25,upper=quantile.0.75,middle=quantile.0.5,ymin=quantile.0.05,ymax=quantile.0.95
        ),stat=\"identity\",fill = \"cyan\"
)

PS。我重新创建了您的数据，如下所示：

df <- \"time           quantile=0.05  quantile=0.25 quantile=0.5  quantile=0.75   quantile=0.95
00:01          623.0725       630.4353      903.8870       959.1407       1327.721
00:02          623.0944       631.3707      911.9967      1337.4564       1518.539
00:03          623.0725       630.4353      903.8870      1170.8316       1431.893
00:04          623.0725       630.4353      903.8870      1336.3212       1431.893
00:05          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:06          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:07          623.0835       631.3557      905.4220      1079.6623       1452.260
00:08          623.0780       631.3483      905.3496      1056.3719       1375.610
00:09          623.0671       630.4275      903.8839      1170.8196       1356.963
00:10          623.0507       630.0261      741.8475      1006.1208       1462.271\"

df <- read.table(textConnection(df),header=TRUE)