将SQL邻接表转换为R邻接矩阵

问题描述

| 我有一个MySQL表ѭ0，该表将所有相互关联的亲子关系数据存储为2个邻接表： 家谱表

org_id INT UNSIGNED NOT NULL PRIMARY KEY,dam_id INT UNSIGNED,sire_id INT UNSIGNED,FOREIGN KEY (org_id) REFERENCES organisms(org_id)
FOREIGN KEY (dam_id) REFERENCES organisms(org_id),FOREIGN KEY (sire_id) REFERENCES organisms(org_id)

任何

org_id

可能有也可能没有孩子。儿童人数不受限制。 “ 0”表中的每个“ 2”都必须至少具有dam_id或sire_id 如果

org_id

没有父母，则除作为父系或母系外，不会在血统书中列出

org_id

可能有

dam_id==sire_id

样本数据

Org Dam Sire
23,42,57
26,25,25
27,43,43
28,44,44
30,25
31,45,25
32,45
33,31,32
34,28,59
35,27,28
36,28
39,38,34
41,24

我想使用R's的

igraph

包（除非有更合适的选项）来显示我的血统书的定向DAG，其祖先节点出现在子节点之上。我不清楚igraph需要执行什么操作。我认为我需要从邻接列表中生成邻接矩阵，但是我对如何有效地做到这一点感到困惑。 有想法吗？     

解决方法

        考虑使用边列表。两列矩阵，每条边在矩阵中为一行。 igraph也会从边缘列表中的值中提取节点的名称。

g <- graph.edgelist(el)

如果由于某种原因需要邻接矩阵

adj.mat <- get.adjacency(g)