解决遗传交叉问题的算法

问题描述

| 我有类似的对象列表：

class PairingStrand
{
   int startInt; // the start pos
   int endInt;   // the end pos
   int Index;    // the index of pairing
   int Strand;   // Strand is either \"5\" or \"3\"
}

每个位置（整数）只能与一个对象关联。 具有“ 1”的对象与具有相同“ \ Index”和“ 2”的对象配对。 该列表由每个对象的\“ startInt \”排序。因此，不同的配对区域可以彼此交叉。 “跨越”是指两个区域重叠，但是如果一个区域足够大以完全吞噬另一区域，则不认为是“跨越”。 例如...

{10~15 : 40~45} (startInt ~ endInt : startInd ~ endInx) 

与...交叉

{20~30 : 60~70}

然而，

{10~15 : 40~45} 

不被认为与

{20~25: 30~35}

我的问题是如何确定与列表中任何其他块没有任何交叉的最大块。允许在模块内部进行交叉。 （换句话说，在块内部允许但不允许使用“交叉”，而在块之间则不允许） 也许我没有很清楚地描述这个问题。这是一个简单的示例： 清单如下：

obj1 (10~20,index 1,strand 5)
obj2 (25~30,index 2,strand 5)
obj3 (31~32,index 4,strand 5)
obj4 (33~34,strand 3)
obj5 (35~45,strand 3)
obj6 (50~55,strand3)
obj7 (60~80,index 3,strand 5)
obj8 (90~110,strand 3)

处理后，该函数应返回一个由

(obj1 ~ obj6)

组成的块。 提前致谢。     

解决方法

        伪代码：

Dictionary<Index,Pairing> openPairings;
List<Index> possibilities;

foreach(pairing)
{
    if(openPairings.ContainsKey(pairing.Index))
    {
        // This is the closing of the pair
        // When there are no other open strands at the time of closing,// AND the pairing was in the possibilities list,it could be the largest
        if(possibilities.Contains(pairing.Index))
        {
            // The opening entry: openPairings[pairing.Index]
            // The closing pairing: pairing
            // Do your size check here to find the largest
        }
        openPairings.Remove(pairing.Index);
    }
    else
    {
        // This is the opening of the pair
        // There must be no other open pairings or there will be an overlap OR
        // the outer pairing is larger anyway,as it completely engulfs this pairing
        if(openPairings.IsEmpty)
            possibilities.Add(pairing.Index);
        openPairings.Add(pairing.Index,pairing);
    }
}