Building R软件包和错误“ ld：找不到-lgfortran”

问题描述

|| 我正在尝试安装lars软件包。 Ubuntu 11.04 Natty 64位。从建筑物中我得到：

* installing *source* package âlarsâ ...
** libs
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g -c delcol.f -o delcol.o
gcc -shared -o lars.so delcol.o -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [lars.so] Error 1
ERROR: compilation Failed for package âlarsâ

gfortran已安装，当我运行

gfortran --version

时，我得到   gfortran --version GNU Fortran   （Ubuntu / Linaro 4.5.2-8ubuntu4）4.5.2

sudo ldconfig -v

给出错误   /sbin/ldconfig.real：无法统计/usr/lib/libgfortran.so：无此类文件或目录 我已经删除并重新安装了gfortran。我需要解决什么？     

解决方法

        对于Debian / Ubuntu系列，我们通常建议

 $ sudo apt-get install r-base-dev

因为它提取了编译通常所需的所有软件包。而且，由于自动化的软件包构建者依赖于此方法（以及其他基于软件包的Build-Depends），因此该方法一直受到测试。 listed4ѭ软件包也在此处列出；也许您以前的安装中的链接断开了，所以我也尝试

dpkg --purge gfortran; apt-get install gfortran

。也就是说，数十个R软件包（和R本身）都使用Fortran，因此这里不应该有任何魔术。     ,        尝试在Ubuntu 12.10 64位上安装CRAN软件包VGAM时遇到相同的问题。我已经安装了r-base-dev，但是Andrew Redd对Dirk Eddelbuettel的回答的第二条评论对我有用。 具体来说，我遇到了两个错误：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
/usr/bin/ld: cannot find -lquadmath

由行固定的：

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 /usr/lib/libquadmath.so

请注意，只需要第一行就可以解决原始帖子中的问题。第二行修复了我与lquadmath有关的其他错误。     ,        看起来其他建议已经解决了您的问题，但是您的问题也适用于我，但是在我的情况下解决方案有所不同。我的问题是我的gcc和g ++版本与gfortran版本不同。我使用以下内容来切换它们，以使它们都相同。 检查您拥有的gcc，g ++和gfortran版本：

g++ --version
gcc --version
gfortran --version

匹配它们，使它们都相同：

sudo update-alternatives --config g++
sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config gfortran

就我而言，我只有一个版本的gfortran，因此我只是更改了g ++和gcc版本以匹配gfortran。     ,        在ubuntu 12.04，R3.1.0，x86 32位系统上安装R软件包minqa时遇到相同的问题（实际上这是插入符号软件包安装的一部分）。 解决者

sudo ln -s /usr/lib/i386-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so

无法重新安装r-base-dev，并且由于所有依赖性，我也没有尝试重新安装gfortran。 根据系统/版本，

ls -l /usr/lib/libgfortran.so

检查链接是否存在/正确。     ,        我使用Centos，但无法获得r-base-dev。我还安装了gfortran，其版本与gcc和g ++的版本匹配；它仍然没有工作。但是，我通过创建creating12ѭ解决了这个问题，

cd ~
mkdir .R
touch Makevars

我找到了安装gfortran的目录（显然，问题是R找不到）

which gfortran

它说我在15英镑安装了gfortran。 然后我在

.R/Makevars

中添加了标记以告诉R使用：

F77 = /usr/bin/gfortran
FC = $F77
FLIBS = -L/usr/bin/gfortran

您可以通过以下方式编辑Makevars文件：

vi .R/Makevars

现在，您已进入可以编辑文本文件的“ 19”程序。输入

i

进行编辑；您将在终端窗口的底部看到

INSERT

。然后，您可以输入我上面所说的内容。要保存更改并退出

vi

，请按esc键，然后键入

:wq

。 我不确定我是否正确放置了FLIBS行，因为对于MacOS，这是非常不同的。在MacOS中，gfortran下有一个目录，该目录具有可链接到的库，但是

gfortran

显然不是Linux中的目录。至少这对我有用，并且还解决了ѭ25的问题，所以我顺利安装了需要gfortran的R软件包。     ,        就像我的案例（Amazon Linux EC2 AMI）一样，仅将其留在此处以供将来参考，问题仅在于符号链接的命名，而不在于其位置。

sudo ln -s /usr/lib64/libgfortran.so.3 /usr/lib64/libgfortran.so
sudo ln -s /usr/lib64/libquadmath.so.0 /usr/lib64/libquadmath.so

    ,        我不必安装任何库。发布对我有用的内容，也许对某人有用。 我有

~/.R/Makevars

定义要使用

CC=gcc-8

。 我的机器上的默认gcc是7.4.0，但是我安装了gcc-8。 同时，我没有gfortran 8，但只有7.4.0。 注释掉Makevars中的这一行会使编译回退到使用默认的gcc-7，然后它成功地使用了gfortran-7 lib。     ,        如果您使用的是gcc44，则需要：

yum install gcc44-gfortran

    ,        对于将来迷失的灵魂，它还有助于验证所有匹配的编译器版本（根据https://askubuntu.com/questions/276892/cannot-find-lgfortran）。在我的情况下，gcc和gfortran均为4.8.4，但g ++为4.6。     ,对于在Mac上访问此页面时遇到相同错误的任何人，请尝试以下操作： 安装Homebrew并运行：

brew install gcc

然后，创建一个包含内容的文件

~/.R/Makevars

（请注意，这对应于gcc版本9.1.0）：

VER=-9
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/9.1.0/lib/gcc/9

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