Linux中的粒子可视化

问题描述

| 我已经生成了该方案的文件   x \\ t y \\ t z \\ t收费\\ t输入\\ t id 我想以类似于此图片的方式显示它们：   我还需要能够浏览模拟的空间（旋转模拟并放大和缩小）。我尝试过rasmol和pymol，但是它们不使用我的简单文件格式。 还有其他我找不到的工具吗？ 编辑：解决方案 我创建了一个小程序，将数据更改为xyz格式。     

解决方法

        将程序更改为以一种常见格式输出数据可能更容易，例如 XYZ：http://openbabel.org/wiki/XYZ_%28format%29 GRO：http：//manual.gromacs.org/current/online/gro.html 或者，创建一个微型程序，将您的数据转换为一种常见格式。与从头开始创建可视化程序相比，这项工作要少得多。     ,        您可以使用mayavi2 point3d函数进行绘制。或任何其他基于vtk的软件。 Mayavi2允许您在3D空间中导航并进行立体渲染（按\“ 3 \”）。

import enthought.mayavi.mlab as mlab
from numpy.random import random
mlab.point3d(random(1000),random(1000),range(1000))

    ,        Pymol可以完美地处理此类数据。在您的情况下，您可以将每个点转换为一个像这样的球体

pseudoatom BEAD3,pos=[26.8600,79.4690,135.9360],b=-67.927313
cmd.show(\"spheres\",\"BEAD3\")

对我来说，效果很好。