如何在 BLAST 搜索中打印最匹配的命中？ / 生物巨蟒

问题描述

我正在尝试使用核苷酸序列进行 BLAST 搜索并打印最佳匹配结果，但不确定应该使用哪个选项/命令。有 max_hpsp 和 best_hit_overhang 之类的选项。我不知道他们的差异，我只想打印 1 个命中。 （最匹配的一个）我应该使用 max_hpsp 1吗？

我写了这段代码，但它仍然没有用。如果您能告诉我，我错在哪里以及应该怎么做，我将不胜感激:) 谢谢！

from Bio.Blast import NCBIWWW
seq = Seq("GTTGA......CT")
def best_matching_hit(seq):
    try:
        result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn","nt",seq)
    except:
        print('BLAST run Failed!')
        return None
    blast_record = NCBIXML.read(result_handle)
    for hit in blast_record.alignments:
        for hsp in hit.hsps:
            if hsp.expect == max_hsps 1:
                print(hit.title)
                print(hsp.sbjct)

    
best_matching_hit(seq)

解决方法

这仅返回一个 hit ，我想是第一个，根据

Limiting the number of hits in a Biopython NCBIWWW Search 在映泰：

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Mon Jun  7 15:28:11 2021

@author: Pietro


https://stackoverflow.com/questions/67872118/how-to-print-the-best-matching-hit-in-the-blast-search-biopython

"""


from Bio.Blast import NCBIWWW

from Bio.Seq import Seq

seq = Seq("ATGGCGTGGAATGAGCCTGGAAATAACAACGGCAACAATGGCCGCGATAATGACCCTTGGGGTAATAA\
          TAATCGTGGTGGCCAGCGTCCTGGTGGCCGAGATCAAGGTCCGCCAGATTTAGATGAAGTGTTCAACAA\
          ACTGAGTCAAAAGCTGGGTGGCAAGTTTGGTAAAAAAGGCGGCGGTGGTTCCTCTATCGGCGGTGGCGG\
          TGGTGCAATTGGCTTTGGTGTCATTGCGATCATTGCAATTGCGGTGTGGATTTTCGCTGGTTTTTACAC\
          CATCGGTGAAGCAGAGCGTGGTGTTGTACTGCGTTTAGGTAAATACGATCGTATCGTAGACCCAGGCCT\
          TAACTGGCGTCCTCGTTTTATTGATGAATACGAAGCGGTTAACGTACAAGCGATTCGCTCACTACGTGC\
          ATCTGGTCTAATGCTGACGAAAGATGAAAACGTAGTAACGGTTGCAATGGACGTTCAATACCGAGTTGC\
          TGACCCATACAAATACCTATACCGCGTGACCAATGCAGATGATAGCTTGCGTCAAGCAACAGACTCTGC\
          GCTACGTGCGGTAATTGGTGATTCACTAATGGATAGCATTCTAACCAGTGGTCGTCAGCAAATTCGTCA\
          AAGCACTCAAGAAACACTAAACCAAATCATCGATAGCTATGATATGGGTCTGGTGATTGTTGACGTGAA\
          CTTCCAGTCTGCACGTCCGCCAGAGCAAGTAAAAGATGCGTTTGATGACGCGATTGCTGCGCGTGAGGA\
          TGAAGAGCGTTTCATCCGTGAAGCAGAAGCTTACAAGAACGAAATCTTGCCGAAGGCAACGGGTCGTGC\
          TGAACGTTTGAAGAAGGAAGCTCAAGGTTACAACGAGCGTGTAACTAACGAAGCATTAGGTCAAGTAGC\
          ACAGTTTGAAAAACTACTACCTGAATACCAAGCGGCTCCTGGCGTAACACGTGACCGTCTGTACATTGA\
          CGCGATGGAAGAGGTTTACACCAACACATCTAAAGTGTTGATTGACTCTGAATCAAGCGGCAACCTTTT\
          GTACCTACCAATCGATAAATTGGCAGGTCAAGAAGGCCAAACAGACACTAAACGTAAATCGAAATCTTC\
          TTCAACCTACGATCACATTCAACTAGAGTCTGAGCGTACACAAGAAGAAACATCGAACACGCAGTCTCG\
          TTCAACAGGTACACGTCAAGGGAGATACTAA")

def best_matching_hit(seq):
    try:
        result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn","nt",seq,hitlist_size=1)
    except:
        print('BLAST run failed!')
        return None
    blast_record = result_handle.read()
   
    print(blast_record)


best_matching_hit(seq)