如何根据数据框单元格名称对 PCA 图进行颜色编码？

问题描述

data.matrix <- matrix(nrow=100,ncol=10)
colnames(data.matrix) <- c(
  paste("wt",1:5,sep=""),paste("ko",sep=""))
rownames(data.matrix) <- paste("gene",1:100,sep="")
for (i in 1:100) {
  wt.values <- rpois(5,lambda=sample(x=10:1000,size=1))
  ko.values <- rpois(5,size=1))
 
  data.matrix[i,] <- c(wt.values,ko.values)
}
head(data.matrix)
dim(data.matrix)

pca <- prcomp(t(data.matrix),scale=TRUE) 

intall.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
 
pca.data <- data.frame(Sample=rownames(pca$x),X=pca$x[,1],Y=pca$x[,2])
pca.data
 
ggplot(data=pca.data,aes(x=X,y=Y,label=Sample)) +
  geom_text() +
  xlab(paste("PC1 - ",pca.var.per[1],"%",sep="")) +
  ylab(paste("PC2 - ",pca.var.per[2],sep="")) +
  theme_bw() +
  ggtitle("My PCA Graph")

上面的代码给了我这个最终的 pca 图：

如何将 wt 和 ko 点变成彩色点？（即，将所有“wt”点更改为蓝点，将所有“ko”点更改为红点）

解决方法

编辑：问题在我最初回答后发生了变化，请参阅底部以获取更新的答案。

您可以使用 Sample 获取 substr() 的第二个字符，然后将其传递给 col。下面是一个例子：

library(ggplot2)
library(dplyr)

example_data <- data.frame(
  Sample = c("A1.1","H2.1","F2.1","B1.1","C1.1","S2.1","J2.1","K1.1"),X = rnorm(n = 8),Y = rnorm(n = 8)
)


example_data %>% 
  mutate(prop = substr(Sample,2,2)) %>% # Make a new column with the values
  ggplot(aes(x = X,y = Y,label = Sample,col = prop)) +
  geom_text() +
  xlab(paste("PC1 - ")) +
  xlab(paste("PC2 - ")) +
  scale_color_manual(values = c("1" = "blue","2" = "red")) + # Assigns colour to values
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "none") # Removes legend

^{由 reprex package (v0.3.0) 于 2021 年 6 月 7 日创建}

对于编辑过的问题，这里是如何获得分数而不是文本。只需将 geom_text() 换成 geom_point()。


example_data %>% 
  mutate(prop = substr(Sample,2)) %>% # This is where the magic happens
  ggplot(aes(x = X,col = prop)) +
  # geom_text() +
  geom_point() + # Will add points
  xlab(paste("PC1 - ")) +
  ylab(paste("PC2 - ")) +
  scale_color_manual(values = c("1" = "blue","2" = "red")) +
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "none")

^{由 reprex package (v0.3.0) 于 2021 年 6 月 7 日创建}

pca r r