问题描述
l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"
for i in range(len(l1)):
if l1[i] == "A" and l1[i+1] == "T" and l1[i+2] == "A" and l1[i+3] == "T":
print (i+1)
L1 是主序列 L2 是我试图在 L1 中找到的子序列。 上面的代码确实给了我正确的输出 (2,4,10) 但有没有更好的方法? 我是编码新手,我想如果我有一个更大的序列,这可能效率不高。 谢谢!
解决方法
您可以使用 re
模块。但首先将 l2
字符串转换为正则表达式:
A(?=TAT)
然后你可以使用re.finditer
:
import re
l1 = "GATATATGCATATACTT"
l2 = "ATAT"
search_string = "{}(?={})".format(l2[0],l2[1:])
out = [m.start() + 1 for m in re.finditer(search_string,l1)]
print(out)
打印:
[2,4,10]