“checkForRemoteErrors(val) 中的错误：2 个节点产生错误；第一个错误：找不到函数“wincrqa”

问题描述

我目前正在尝试使用以下代码运行并行化的 RQA。

library(sNow)
library(doSNow)
library(crqa)
    my_wincrqa = function(x,y){
      wincrqa(x,y,windowstep = 1000,windowsize = 2000,radius = .2,delay = 4,embed = 2,rescale = 0,normalize = 0,mindiagline = 2,minvertline = 2,tw = 0,whiteline = F,side = "both",method = "crqa",metric = "euclidean",datatype = "continuous")
    }
cl<-makeCluster(11,type="SOCK")
start_time <- Sys.time()
WCRQA_list = clusterMap(cl,my_wincrqa,HR_list,RR_list)
end_time <- Sys.time()
end_time - start_time

不幸的是，我明白了：“

checkForRemoteErrors(val) 中的错误：2 个节点产生错误；第一的 错误：找不到函数“wincrqa”

我知道在设置并行处理时可能存在总和错误，但我无法解决它。我也使用 parallel() 包尝试了类似的事情。

我很高兴得到任何帮助！

最好的， 约翰逊

解决方法

问题是您已经在主执行环境中加载并附加了“crqa”包，但集群节点在单独的、隔离的 R 会话中运行代码——它们看不到相同的加载包或全局变量！

最简单的解决方案是将 wincrqa 的使用替换为完全限定名称，即在您的函数中使用 crqa::wincrqa。

或者，可以在执行函数之前在所有集群节点上附加“crqa”包：

clusterEvalQ(cl,library(crqa))
WCRQA_list = clusterMap(cl,my_wincrqa,HR_list,RR_list)