如何删除 data.frame 中的冗余行按列 [1, 2]，反之亦然？

问题描述

我获得了一个 distance.class 表，其中样本相互比较以计算索引。结果，每个值都会重复，并且会发生自我比较。请参阅下表：

	Sample1	Sample2	Sample3
Sample1	0	0.5	1
Sample2	0.5	0	0.8
Sample3	1	0.8	0

我已经删除了自我比较（sample1 vs sample1 等） 但我不知道如何删除冗余值（即表格的上半部分）。所需的输出是一个如下所示的表格，然后我可以将其融入 data.frame 以构建绘图。样本也是我想用来构建绘图的特定类型。

	Sample1	Sample2	Sample3
Sample1
Sample2	0.5
Sample3	1	0.8

Var1	Var2	Type1	Type2	值
Sample1	Sample2	a	b	0.5
Sample1	Sample3	a	a	1
Sample2	Sample3	b	a	0.8

解决方法

非常感谢，使用 ESTABLISHED 我能够产生预期的解决方案。

在生成调用 usedist::dist_make() 的类“dist”矩阵后，我从 phyloseq 对象中提取了分组变量：

phyloseq::distance()

然后我融化了生成的“group2samp”列表并重新排列第一列的顺序以匹配我的距离矩阵：

group2samp <- list() 
    group_list <- get_variable(sample_data(physeq),group) 
    for (groups in levels(group_list)) { # loop over the no. of group levels
        target_group <- which(group_list == groups) 
        group2samp[[ groups ]] <- sample_names(physeq)[target_group] 
    }