用层次聚类做树状图，y轴应该是每个item的元素个数

问题描述

我一直在尝试使用数据框制作树状图，每个单元格都包含值。

       un1  un2   un3  un4  un5 ... 
  mut1 0.5  0.24  0  0  0.4
  mut2 0.1  0.22  0.4  0  0
  mut3 0.3  0  0  0  0
  mut4 0  0  0  0.23  0.66
  ....

从这个链接，我可以制作一个树状图，但我想做一些修改

python How to make a dendrogram from a dataframe

我的代码在下面，树状图看起来像这样

import numpy as np
from pandas import *
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster.hierarchy import linkage,dendrogram
from scipy.spatial.distance import pdist

df = pandas.read_table('/content/drive/MyDrive/BI/dfs_2/DB15_final_shared_list.vaf.csv',index_col = 0,sep=",",header=0)

print(df)

X = df.T.values #Transpose values 
Y = pdist(X)
Z = linkage(Y)

dendrogram(Z,labels = df.columns)

我想修改 Y 轴。

目前，我假设 Y 轴代表距离，但我想让它代表

每个项目中的元素数量。

这意味着“一行 'unX' 中有多少不为零的元素”。

假设'un1'列的长度为15，'un1'行中不为零的元素个数为9个。

那么从树状图的顶部到'un1'的树的末端的长度是九。

并且分叉的长度是聚类项目之间共享元素的数量。

抱歉英语不好。

谢谢。

解决方法

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