将 GWAS 汇总统计文件从 build 38 提升到 build 37

编程问答 2022-04-23

问题描述

我正在使用 UCSC 提升工具和相关链来提升我的 GWAS 摘要统计文件（一个制表符分隔文件）从构建 38 到构建 37 的结果。GWAS 摘要统计文件 看起来像：

1 chr1_17626_G_A 17626 A G 0.016 -0.0332 0.0237 0.161
1 chr_20184_G_A  20184 A G 0.113 -0.185  0.023 0.419

以下是我正在使用的相关链的 UCSC 工具：

我想从 GWAS 摘要统计文件中创建一个 床格式 的文件，这是该工具所需的输入，我希望前三列以制表符分隔，其余列以制表符分隔合并为一列并由非制表符分隔符（例如“。”）分隔。以便在运行电梯时保存它们。输入床文件的前三列是：

awk '{print chr$1,$3-1,$3}' GWAS summary stat file > ucsc.input.file

#$1 = chrx - where x is chromosome number 
#$2  position -1  for SNPs
#$3  bp position hg38 for SNPs

以上三列是工具的必填列。

我的问题是：

  1. 如何使用非制表符分隔符“:”将 GWAS 摘要统计文件的其余列合并为一列？
  2. 运行提升后，我如何解包由 : 分隔的列？

解决方法

我不确定这是否能回答您的问题，但请看一看。

您可以使用 awk 通过 :

合并多列 
awk '{print $1 ":" $2 ":" $3}' file

然后说你想用 : 中的 tab 替换 $1 然后你可以做

awk -F ":" '{gsub(/:/,"\t",$1)}1' file

这有什么帮助吗？

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