Biopython：qblast() 函数永远运行并且没有返回数据

问题描述

我正在尝试运行 qblast() 函数，但运行时间很长。

from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle = NCBIWWW.qblast('blastn','nt','MT747438')

with open('blast_BE_isolate.xml','w+') as save_to:
  save_to.write(result_handle.read())
  result_handle.close()

然后我尝试查看结果，但它返回 0 个结果。

from Bio.Blast import NCBIXML
result_handle = open('blast_BE_isolate.xml','r')
blast_record = NCBIXML.read(result_handle)

E_VALUE_THRESH = 0.0001
ct = 0
for alignment in blast_record.alignments:
  for hsp in alignment.hsps:
    ct += 1
    if hsp.expect < E_VALUE_THRESH:
      print("\n")
      print("****Alignment****")
      print("sequence:",alignment.title)
      print("length:",alignment.length)
      print('E value:',hsp.expect)
      print(hsp.query[0:75] + '...')
      print(hsp.match[0:75] + '...')
      print(hsp.sbjct[0:75] + '...')

print('\n' + "There are",ct,"sequences in the BLAST output!")

There are 0 sequences in the BLAST output!

为什么会发生这种情况？我在 NCBI 网站上手动执行 BLAST，结果在很短的时间内返回。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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