为什么找不到 Biopython 的输出文件？

问题描述

我使用 Mac 工作。我一直在尝试使用 Muscle 在 Python 中进行多序列比对。这是我一直在运行的代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="testunaligned.fasta",out="testunaligned.aln",clwstrict=True)
print(cline)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"),"clustal")
print(align)

我不断收到以下错误：

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'testunaligned.aln'

有谁知道我该如何解决这个问题？总的来说，我对 Python 和计算机科学很陌生，我完全不知所措。谢谢！

解决方法

您代码中的

cline 是您使用所有参数初始化的 MuscleCommandline 对象的实例。初始化后，这个实例可以运行肌肉，但只有调用它才会这样做。这意味着您必须调用 cline()

当您简单地print cline 对象时，它将返回一个与您可以在命令行上手动运行的命令相对应的字符串，以获得与调用 {{1} 时相同的结果}.

这里是工作代码：

cline()