问题描述
我正在对我的数据集执行成对的 adonis。我使用了在 Pedro Martinez Arbizu https://www.researchgate.net/post/How_can_I_do_PerMANOVA_pairwise_contrasts_in_R 编写的研究门上找到的函数。它对我的数据的某些部分有效，但对某些部分无效。我得到一系列：
'nperm' >= set of all permutations: complete enumeration.
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.
并且所有成对的 p 值都是 1/3 或 2/3 的完美值。我有 5 种海洋物种的数据集，超过 2 个时间段和八个不同的捕获原因，如下所示：
data <- data.frame(Group = c("Benthic rays","Benthic rays","Bentho Pelagic rays","guitarfish","Hammerheads","Sharks","Sharks"),YearGroup =c(1,2,1,1),1 =c(65,63,73,66,32,60,23,47,25,47),2 =c(25,10,21,16,14,11,11),3 =c(19,9,8,17,3,2),4 =c(0,123,37,97,31,116,37),5 =c(0,0),6 =c(11,41,42,38,6,26,29),7 =c(0,8 =c(52,44,7,0))
成对的 adonis 计算如下
pairwise.adonis(data[,3:10],data$Group)
pairwise.adonis(data[,data$YearGroup)
不知何故，当我计算年份组之间的成对比较时，它运行良好，得到的 p 值为 0.061。但正如我在使用它来计算物种之间的成对比较时提到的，我只得到 1/3 或 2/3。我目前将物种作为字符读取，因为当我将它们用作因子时，我收到以下错误消息：
Error in `contrasts<-`(`*tmP*`,value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) :
contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
尽管它显然是一个具有 5 个不同级别的因素。我不知道是什么导致了这个故障，尤其是它在其他数据集上运行良好。
解决方法
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