问题描述
我对生物信息学和 RNA-seq 非常陌生，所以请放轻松。当我尝试执行分析时，我不断收到相同的错误。对于背景：我有一个名为 tutorial 的文件夹，该文件夹中有 4 个其他文件夹（目前重要的是trimmed_fastq、bt2Index 和 insert_size）。使用 bowtie2-build，我在 bt2Index 文件夹中创建了一个索引为 Zv9 的 bt2 文件。现在我想将修剪后的读数（在 trimmed_fastq 中）与基因组对齐。
这是我所做的以及我得到的错误：
cd desktop/tutorial/insert_size
bowtie2 \
--minins 0 \
--maxins 1000 \
--very-fast \
-x $HOME/desktop/tutorial/bt2Index/Zv9 \
-1 $HOME/desktop/tutorial/trimmed_fastq/2cell1.trim.paired.fq \
-2 $HOME/desktop/tutorial/trimmed_fastq/2cell2.trim.paired.fq \
-S 2cells.sam
(ERR): "/Users/eag519/desktop/tutorial/bt2Index/Zv9" does not exist or is not a
Bowtie 2 index
Exiting Now ...
我试过用几种不同的方式写出来，但无法解决。有任何想法吗？任何帮助将非常感激。我是一个完整的初学者。
解决方法
暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！
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