将 netCDF 文件剪切为 shapefile 并在 R 中克隆元数据变量

编程问答 2022-04-21

问题描述

我有 NetCDF 文件（例如 https://data.ceda.ac.uk/neodc/esacci/lakes/data/lake_products/L3S/v1.0/2019 全局域），我想根据 shapefile 边界（在本例中为湖 - https://www.sciencebase.gov/catalog/item/530f8a0ee4b0e7e46bd300dd）提取数据，然后将剪切的数据保存为NetCDF 文件，但保留剪辑文件中的所有原始元数据和变量名称。这是我迄今为止所做的

library(rgdal)
library(sf)
library(ncdf4)
library(terra)

#Read in the shapefile of Lake 
Lake_shape <- readOGR("C:/Users/CEDA/hydro_p_LakeA/hydro_p_A.shp")
# Reading the netcdf file using Terra Package function rast
test <- rast("ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20190705-fv1.0.nc")
# List of some of variables names for orginal dataset 
      head(names(test))
[1] "water_surface_height_above_reference_datum" "water_surface_height_uncertainty"           "lake_surface_water_extent"                 
[4] "lake_surface_water_extent_uncertainty"      "lake_surface_water_temperature"             "lswt_uncertainty"   
                                 
#Clipping data to smaller Lake domain using the crop function in Terra Package
test3 <- crop(test,Lake_shape)
#Listing the some variables names for clipped data
head(names(test3))
[1] "water_surface_height_above_reference_datum" "water_surface_height_uncertainty"           "lake_surface_water_extent"                 
[4] "lake_surface_water_extent_uncertainty"      "lake_surface_water_temperature"             "lswt_uncertainty" 


# Writing the crop dataset as netcdf or Raster Layer using the WriteCDF function 

filepath<-"Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0"
fname <- paste0( "C:/Users/CEDA/",filepath,".nc")
rnc <- writeCDF(test3,filename =fname,overwrite=T)”

我在这里的主要问题是，当我读入剪辑 netCDF 文件时，我似乎无法保留原始 NetCDF 的数据变量的名称。当我使用 writeCDF 函数将剪切的数据集保存为新的 netCDF 时，它们都会自动重命名。

#Reading in the new clipped file
 LakeA<-rast("Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0.nc")
> head(names(LakeA))
[1] "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_1" "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_2"
[3] "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_3" "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_4"
[5] "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_5" "Lake_A_ESACCI-LAKES-L3S-LK_PRODUCTS-MERGED-20020501-fv1.0_6"

那么在裁剪到 R 中较小的域/形状文件时，是否可以从原始 NetCDF 数据集中克隆/复制所有元数据变量，然后另存为 NetCDF？任何有关如何在 R 中执行此操作的指导将不胜感激。 （NetCDF 和 R 对我来说都是新手，所以我不确定我缺少什么或有深入的知识来对此进行排序）。

解决方法

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