当您有很多变量时,如何从 Rstudio 中提取可见的散点图矩阵?

问题描述

正在进行化学分析并尝试根据我的化学数据制作散点图矩阵。我能够创建一个我想要的矩阵,但每个散点图都不够明显,无法在我的屏幕上阅读。我打算在一张巨大的科学海报上打印这个矩阵,但是,我不知道我将如何导出这个带有可见图的矩阵。有什么方法可以使这些图可见? 我将此代码用于矩阵:

scatterFull <- pairs(springwater[,1:53],panel=panel.smooth)

这是我在 Rstudio 的绘图框中得到的矩阵。我知道显示器屏幕尺寸很重要,这就是为什么我无法清楚地看到每个图,但有没有办法在不改变显示器尺寸的情况下解决这个问题?

我想看到这个矩阵和下面的矩阵一样可见(这个矩阵只包含 10 个元素,但我需要矩阵中的所有 53 个元素)。

enter image description here

请帮我解决这个问题。谢谢!

解决方法

我不得不处理这个问题几十年了。到目前为止,R 中最好的方法(就易用性和质量而言)是以 PDF 格式输出图形。当您指定较大的纸张尺寸时,图形可读。它将比导出在 RStudio 中显示的图形质量更高。即便如此,您仍可能不得不尝试并可能修改图形元素,例如文本大小和符号大小。

这是一个示例,显示了默认情况下图在海报大小的纸张(44 x 32 英寸)上的外观。该图显示了输出的一部分(在 Acrobat Reader 中以 200% 的放大率呈现:单击它以在屏幕上以原始大小查看它)。

Figure

#
# Generate sample data.
#
n <- 1e2                 # Number of points
d <- 53                  # Number of variables
mu <- runif(d)           # Variable log means
sigma <- rbeta(d,2,2)  # Variable log sds
X <- matrix(exp(rnorm(n*d,mu,sigma)),n,byrow=FALSE)
X <- ifelse(X < 1,X) # Censor all values at a detection limit of 1
colnames(X) <- paste0("X",seq_len(ncol(X)))
#
# The proposed solution.
#
pdf("Pairs.pdf",width=44,height=32)
pairs(X)
dev.off()

运行此代码后,在 pdf 阅读器中打开输出文件 Pairs.pdf 进行查看。

如果这不起作用,您将需要通过循环变量的不相交子集并为这些子集的每个有序对输出散点图矩阵来平铺输出。但是有 53 个变量应该足够好了。

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